一般情况下，子宫内膜异位的处理方式如下：
1、妊娠分娩是最好的治疗手段，在怀孕和哺乳期间可以起到压制作用，防止内异症，压制病灶，使病灶萎缩、吸收；
2、如果患者无痛经、短期内无生育要求、盆腔B超无包块等症状，可以进行常规的随访，一般是半年或一年一次的妇科或B超；
3、对于疼痛明显、B超包块大、有生育需求但又不能怀孕的患者，应采取外科、探查、术后用药等措施。
子宫内膜异位症的最佳治疗方法，有药物治疗，还有手术治疗。如果在临床检查过程中发现卵巢上发生了巧克力囊肿，并且体积比较大，需要做手术治疗。如果是单纯的痛经，没有发现包块与结节，可以利用药物治疗，是一种雄性激素的药物，效果比较好，需要1个月皮下注射1次，非常方便。
诊断子宫内膜异位症的最佳方法通常是就医，在医生的指导下进行检查。
B超，对子宫内膜、膀胱、直肠、膀胱等疾病进行确诊的一种主要检查手段；CT和MRI，可用于检查肛门静脉及阴道内深层病变，不能用于初步检查；血清ca125检查，严重子宫内膜异位伴有囊肿破裂、子宫腺肌病、慢性炎症的患者会出现ca125增高；腹腔镜，目前世界上对子宫内膜异位的最好的诊断手段。
子宫内膜异位症的治疗方法有以下两种。
1、药物治疗：患者可以选择西医治疗和中医治疗。西医主要有丹那唑，内美通，亮丙瑞林等两种药物；中医以疏肝解郁、活血温经为主要手段，按中医证候、辨证施治、分症施治；
2、对于大面积的巧克力囊肿，可以通过手术治疗。
需要注意的是，子宫内膜异位症的具体治疗方法，要根据医生的建议和实际情况来确定。
一般认为子宫内膜异位症等仍有可能导致痛经或月经异常出血，因此应多注意休息等，诊断子宫内膜异位症等，多吃中成药等调理，观察一段时间等，同时应注意观察是否发生贫血，如果效果不好，也可考虑进行微创手术等调理。
子宫内膜异位症药物治疗是没有效果的，可以及早的选择手术治疗，因为每来一次月经病情就会加重一次，目前的治疗方法是微型电子腹腔镜治疗，不开腹，不切子宫，最大限度地保留生理完整性，按照情况采用子宫打孔术或病灶切除术，创伤小，出血少，术后恢复快。