艾灸的部位也有所不同。若痛经是由于气滞血瘀所致，则艾灸穴位主要取任脉、足厥阴肝经、足太阴脾经上的穴位，如小腹部的中极、关元、神阙、太冲、三阴交等穴，还可以加用合谷、足三里等穴位。若痛经是由于肝肾亏虚所导致，则艾灸穴位主要取任脉、足厥阴肝经、足少阴肾经以及相应背腧穴，如关元、太冲、太溪、脾俞、肾俞、命门等穴。
痛经的患者，可以艾灸关元、中级、气海穴等穴位。
如果患者存在痛经的现象，可以首先艾灸腹部，选取关元、中级、气海穴等穴位来进行艾灸，缓解痛经的症状，对于痛经的症状有一定的缓解作用。
不过，在治疗期间，是需要根据患者的情况来选择穴位的，因为痛经是多种因素导致的，患者应当在医生的指导下选择穴位，不可自行操作。
一般情况下，痛经艾灸以下位置：
痛经是妇科临床上比较常见的症状之一，女性出现痛经是由于女性的子宫内膜分泌的前列腺激素升高，或是由于自身存在的一些妇科问题所导致的。可以通过艾灸来进行治疗，可以选用子宫、涌泉、三阴、足三里、阴陵、神阙、关元等穴位进行艾灸，能够疏通经络，从而缓解痛经。同时做好保暖工作，尽量不要受凉。
可以选取任脉和足太阴脾经的穴位，比如中极穴，可以通调冲任，理下焦之气；地机穴，能够行气活血止痛；三阴交穴，能够调理肝、脾、肾，活血止痛。还可以用次髎穴，是治疗痛经的经验穴位。
一般来说，如果在来月经的时候进行艾灸，通常灸腹部远处的穴位最好，比如三阴交、阴陵穴、地机、漏谷等。三阴交一般位于内踝上三寸，胫骨前缘；地机穴和漏谷穴一般位于小腿内侧；阴陵穴一般位于膝盖之下，即胫骨内侧下缘和内侧缘之间的凹陷。如果在艾灸腹部的穴位，可能会导致月经量增加。如果是在非月经期进行艾灸，位置通常位于下腹部。