做完巧克力囊肿的手术还是建议打针的，考虑为注射防止术后粘连及促排卵的药物的可能性大，对于有生育要求的，还是应该打针的。手术后要注意多休息及加强营养，有利于伤口及身体的恢复。
卵巢囊肿比较大，并且发生破裂，手术之后还是要打针治疗的。巧克力囊肿是由于子宫内膜异位症造成的，打针是为了不让月经来潮，可以使手术后卵巢有时间好好修复，也可以预防卵巢巧克力囊肿复发。
巧克力囊肿术后可以吃药预防复发，吃药的副作用较小，不必打针。由于术后体质虚弱，要注意休息。还要调节情绪，调节免疫力，增强体抗力。月经期不要做剧烈运动。日常生活要注意保暖，避免受寒，要讲究个人卫生，多喝白开水，多吃新鲜蔬菜和水果，要按时到医疗机构进行复查。
巧克力囊肿，属于子宫内膜异位症的一种，通常手术后三个月后再开始备孕。术后要注意不可以随便服用药物，尤其是激素类的药物，可以多吃些高蛋白高营养的食物，增强体质。平时注意少吃生冷辛辣刺激性的食物，注意腹部保暖，避免身体受风着凉，不要过度劳累和熬夜。
巧克力囊肿手术之后，建议如果是腹腔镜手术，建议在一个半月之后同房，如果是开腹手术，需要是两个月再有性生活。由于巧克力囊肿具有复发性，所以术后要继续给予用药治疗。
卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症，内膜异位到了卵巢，每个月卵巢异位灶反复出血引起囊肿，并且引起盆腔粘连。容易导致输卵管粘连，引起不孕症。手术后一般要休息一个月，在术后一个月内要注意休息，禁止性生活，所以一个月以后可以同房。