卵巢囊肿的治疗方式取决于年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及主观愿望等因素而定。穿刺创伤小，痛苦小，但是复发率高。以手术治疗为主。建议尽快手术切除。
是做穿刺，一般不是会很疼一点点疼，当然有条件，可以休息一周左右，卵巢囊肿一般不需要做穿刺，只要先观察吃点桂枝茯苓膏就可以。平时定期打B超复查，因为卵巢囊肿一般是良性的肿瘤，只要没有增大就没有关系，如果是在不断的增大，就可以通过手术处理。
卵巢囊肿穿刺一般是在超声引导下经阴道后穹隆进行穿刺，很少有经腹壁腹腔穿刺，要注意穿刺方向为阴道后穹隆进针，采用与子宫颈管平行的方向，不能过分向前或向后，以免针头刺入宫体或进入直肠，穿刺深度要适当，一般是在超声引导下进入囊肿里面即可，过长可能穿透囊肿进入盆腔器官或穿入血管。吸出的囊肿内液体要单独保存，需要送检。
女性体内激素水平紊乱，或者妇科炎症都可能造成卵巢囊肿.
首先需要知道所患的卵巢囊肿是生理性卵巢囊肿，还是病理性卵巢囊肿。生理性卵巢囊肿是由于在排卵期后，由黄体期所形成的囊肿，一般是小于5厘米。在黄体期结束之后，激素水平下降，就会自动消失的，并不需特殊处理。而由于炎症导致，以及内分泌紊乱或者遗传因素所导致，还有子宫内膜异位症所导致的卵巢巧克力囊肿等，就需要根据病情来进行治疗。
卵巢囊肿不是很严重的疾病的表现，手术穿刺明确内含物的情况之后可以休息一些时间，卵巢囊肿穿刺手术后在一个月之后同房不是很大的问题，但是同房之前的时间还是需要到医院复查效果。
腹腔镜下良性卵巢囊肿剥除术，费用大概为15000元左右，开腹手术较腹腔镜手术少1000-2000元左右。卵巢囊肿的手术指征为：1、卵巢囊肿大于或等于5cm或持续存在或增大；二、囊壁有乳头状突起或实性卵巢肿块；3、出现腹水；4、卵巢囊肿蒂扭转或破裂。手术的目的是切除卵巢囊肿或附件包块，育龄妇女尽量保留健康的卵巢组织，不宜单纯行囊肿抽吸术。