卵巢囊肿手术分为开腹手术和腹腔镜下手术两种方式。开腹手术，充分做好术前准备后，在手术室内，由麻醉师进行麻醉，麻醉效果出现后行手术治疗。剖开卵巢皮质后，轻轻地拨除卵巢囊肿，用3-0的可吸收肠线逐层缝合、闭合瘤腔，术中未见明显出血后行卵巢皮质内翻缝合卵巢成形术，手术中尽量多保留卵巢的皮质。巧克力囊肿术中黏连致密，可以行卵巢楔形切除术后，再行卵巢成形术。腹腔镜下手术只是创伤微小。
附件区的囊肿多见长在卵巢上，可根据大小、症状决定治疗方法，有药物治疗、观察和手术切除，手术可分为微创和开腹。如果开腹手术时间和微创手术时间基本一样，术中如果顺利，一般一小时左右。需要在月经干净后一周之内做，这样会避免出血。
患有卵巢囊肿时是行传统的开刀手术好还是微创手术好，要根据具体情况进行分析。如果是单纯良性的生理性卵巢囊肿而且体积不是很大，就适合进行微创手术，术后大致2-3天的时间，就可以出院回家自行的修养，这种伤口较传统的开刀手术小，而且容易愈合。但是如果是恶性卵巢囊肿，病情复杂，为了防止在手术过程中肿瘤破裂而导致传染，还是应选择做开刀手术。
卵巢囊肿是一种良性占位，很多女性都曾出现过这种现象，如果囊肿不是很大，两个月以后复查，大部分可以自行消失，囊肿已经很大了，可以进行微创手术，超声引导下介入治疗，在平时一定要注意保暖，注意适量增加运动。
通常建议微创卵巢囊肿术后休息一个月至一个半月。从腹部皮肤来看，在单孔或者是三孔腹腔镜下做的手术损伤似乎是非常小，可是盆腔里边做手术的步骤跟开腹做手术的步骤基本是一样的，所以要给予足够的时间身体才能够完全康复。如果患者恢复得快，一般休息一个月左右即可；如果患者恢复得慢，一般需要休息一个半月及以上。患者在休息期间饮食上要加强营养，适量吃含蛋白质的食物、新鲜的水果和蔬菜，有助于增加机体抵抗力。
卵巢囊肿做微创手术的顺序是切开患处，把里面的积液抽来，然后再进行缝合。卵巢囊肿是微创手术，是在腹腔镜下将囊肿剔除的一种手术方式，手术创伤比较小，恢复比较快。手术时间选择在月经干净3-7天内，术后少吃辛辣油腻生冷刺激的食物，合理膳食加强营养，适当活动，多休息，避免受凉，定期复查。