卵巢囊肿手术分为开腹手术和腹腔镜下手术两种方式。开腹手术，充分做好术前准备后，在手术室内，由麻醉师进行麻醉，麻醉效果出现后行手术治疗。剖开卵巢皮质后，轻轻地拨除卵巢囊肿，用3-0的可吸收肠线逐层缝合、闭合瘤腔，术中未见明显出血后行卵巢皮质内翻缝合卵巢成形术，手术中尽量多保留卵巢的皮质。巧克力囊肿术中黏连致密，可以行卵巢楔形切除术后，再行卵巢成形术。腹腔镜下手术只是创伤微小。
附件区的囊肿多见长在卵巢上，可根据大小、症状决定治疗方法，有药物治疗、观察和手术切除，手术可分为微创和开腹。如果开腹手术时间和微创手术时间基本一样，术中如果顺利，一般一小时左右。需要在月经干净后一周之内做，这样会避免出血。
是做穿刺，一般不是会很疼一点点疼，当然有条件，可以休息一周左右，卵巢囊肿一般不需要做穿刺，只要先观察吃点桂枝茯苓膏就可以。平时定期打B超复查，因为卵巢囊肿一般是良性的肿瘤，只要没有增大就没有关系，如果是在不断的增大，就可以通过手术处理。
卵巢囊肿的治疗方式取决于年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及主观愿望等因素而定。穿刺创伤小，痛苦小，但是复发率高。以手术治疗为主。建议尽快手术切除。
卵巢囊肿不是很严重的疾病的表现，手术穿刺明确内含物的情况之后可以休息一些时间，卵巢囊肿穿刺手术后在一个月之后同房不是很大的问题，但是同房之前的时间还是需要到医院复查效果。
腹腔镜下良性卵巢囊肿剥除术，费用大概为15000元左右，开腹手术较腹腔镜手术少1000-2000元左右。卵巢囊肿的手术指征为：1、卵巢囊肿大于或等于5cm或持续存在或增大；二、囊壁有乳头状突起或实性卵巢肿块；3、出现腹水；4、卵巢囊肿蒂扭转或破裂。手术的目的是切除卵巢囊肿或附件包块，育龄妇女尽量保留健康的卵巢组织，不宜单纯行囊肿抽吸术。