发生肛乳头肿瘤的原因有四种：
1、肛管感染、外伤、刺激等原因引起的疾病。比如由于长期受慢性肠炎的影响，导致有习惯便秘者的粪便积聚在直肠里太长，或是粪便干而坚硬。
2、在排便的时候，会对身体的伤害，从而引发细菌的感染。
3、由于肛管、直肠外皮层和皮肤的某些部位的生长，使得肛乳头瘤在数量、形态、大小等方面存在一定的个体差别。
4、肛乳头肥大的病人一般伴有肛隐窝炎。肛乳头瘤有四种常见的病因，这种病在临床中比较普遍，一旦被确诊，就要及时的进行治疗。
肛乳头瘤由于肛管处感染、外伤或刺激所致病变，如慢性肠道炎症的刺激、习惯性便秘者大便在直肠内积存时间过久或是大便干燥硬结，排便过程中造成损伤而继发细菌感染。
肛管受刺激引起病变：比如慢性肠道炎症的刺激、大便干燥硬结等情况，会让肛管受刺激，从而引起肛乳头瘤。排便损伤：比如在排便的过程中用力过度造成损伤，容易引起继发细菌感染，从而引起肛乳头瘤。
由于肛管处感染、外伤或刺激所致病变，如慢性肠道炎症的刺激、习惯性便秘者大便在直肠内积存时间过久或是大便干燥硬结，排便过程中造成损伤而继发细菌感染，由于部分肛管直肠外胚层及皮下组织的增生可导致肛乳头瘤在数目、形态及大小存在个体差异。肛乳头肥大病人大多合并肛隐窝炎。
肛乳头是肛门瓣下方的三角形黄白色乳头突起，呈圆锥体或三角形，是胚胎的残余，3～8个，平常很小，如有肛窦炎、肛瘘、肛裂、痔、便秘和肛门瘙痒症等慢性炎症长期刺激时，可引起乳头增生性变大，脱出肛门外，而形成肛乳头瘤。