巧克力囊肿是不能自愈的，所以得了巧克力囊肿一定要尽快的去当地正规的三甲医院进行医治，一般是通过手术和药物医治的，平时一定要注意饮食清淡，不要吃过于清淡的食物，平时要注意好的睡眠。
初期巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现。巧克力囊肿在不采取任何治疗措施的情况下可能不会自行恢复。有一种极为特殊的情况，即怀孕后，在孕期月经不会来潮，这些异位的子宫内膜就不会出血，也不会生长，则有可能慢慢萎缩，从而使得巧克力囊肿自行恢复。而除此之外，巧克力囊肿可能不会自愈。
有巧克力囊肿并不意味着无法怀孕。巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位症囊肿，是引起痛经以及不孕不育的常见因素。如果是比较小的巧克力囊肿，临床症状不典型时可以先尝试怀孕，是有几率成功怀孕的。但是如果巧克力囊肿比较大，或者引起明显的痛经症状时，建议应该先进行手术治疗，同时在术后使用药物才能够提高术后的受孕概率。
卵巢巧克力囊肿不能自愈。现在有巧克力囊肿的情况，不能治疗，如果现在囊肿比较小，可以服用药物进行治疗。是子宫内膜异位症的，就是进行性的痛经，可以药物或者手术治疗的。
根据个人体质不同，时间自然也不一样。巧克力囊肿术后一般一个月就可以恢复。恢复的时间长短，和手术后的保养也有很大关系，所以术后要多休息，在恢复期间，定期到医院复查看恢复情况。
巧克力囊肿不治会导致月经异常，月经稀少或闭经，有些病患表现月经淋漓不断；其次会影响少女形象，会出现多毛、肥胖、座疮等症状；并且还会导致不孕，多囊卵巢往往有持续性无排卵，不能自然怀孕，是女性不孕症的主要原因；最后是女性如果妊娠，妊娠高血压综合征和妊娠糖尿病的风险明显增加。