试管婴儿的主要弊端是高成本，低效率。试管婴儿的过程较复杂，是一种体外授精的方式，移植后不稳定的几率很大，可能会发生宫外孕。需要穿刺取出女性的卵子，穿刺的过程中大出血或者感染的风险很高，试管婴儿患有先天性疾病较自然婴儿较高。
试管婴儿促排卵药物对于卵巢功能正常的女性，不会引起卵巢功能衰竭，但是对于卵巢功能不好，促排卵治疗如果做很多次，可能会出现绝经时间提前。通过试管婴儿技术出生的儿童跟自然妊娠出生的儿童，不管在畸形率方面、智力方面，还是在生长发育方面，都没有明显的差别。试管婴儿毕竟是控制性技术，如果能够自然怀孕，尽量不要做试管婴儿。
试管婴儿只要卵子、精子是正常的，就跟正常怀孕没有区别。将宫外受精后的受精卵移植相结合，是指取出卵子与精子在体外发生受精并培养3到5日，再将胚胎移植到宫腔内，使其着床后发育成胎儿的过程，和正常孕育除环境不同，是相似的。试管婴儿同样需要妈妈们十月怀胎后才能正常分娩，所以与自然受孕出生的孩子也没有差别。
首先，如果说具有试管婴儿的指征、不能生育的，试管婴儿就是不孕不育人群的福音，可以帮助这些人孕育孩子，圆其他的母亲或者父亲梦。当然，试管婴儿也有的缺陷，首先的成功率不是100%，随着年龄的上升，成功率在逐渐下降，其次价格较昂贵，而且有一定的并发症，对于女性的身体有一定的伤害，而且需要耗费大量的时间。
试管婴儿作为一种辅助生育的手段，弊端还是不少，费用高，成功率低，成功率是15-20%，发生胎儿畸形的机率大，容易生腹水、胸水、卵巢早衰等常见的并发症。如果想要孩子，最好先去做相关的检查，确定问题，然后对症治疗。