有人接种HPV疫苗后会感到头晕恶心，近年来，在英国、瑞典、日本，以及中国香港等国家和地区均出现接种HPV疫苗后发生严重不良反应的报道，如躯体疼痛、感觉异常、记忆障碍甚至出现瘫痪和死亡等。
宫颈癌疫苗的副作用接种后会表现为发热、局部红肿、瘙痒等常见的疫苗注射不良反应。在选择注射宫颈癌疫苗时要注意不要在发热、感冒、感染性疾病急性期等进行注射，以免发生疫苗不良反应时难以鉴别。
常见的副作用表现，就是在接种局部会出现有发红，或者局部疼痛，甚至是有硬结、肿胀的感觉。但是反应一般不大，通常使用热毛巾局部热敷，或者是休息一天左右就可以自然缓解恢复。但有一类女性在接种宫颈癌四价疫苗以后，可能会出现发热，或者是全身皮疹等过敏现象。
宫颈癌疫苗严重的副作用就是过敏性休克，因为宫颈癌疫苗是蛋白质，如果病人是特异体质，对某种蛋白质过敏，就有可能会出现过敏性的休克，过敏性的休克会影响到病人生命。
宫颈癌疫苗副作用很少，注射宫颈癌的疫苗与普通的注射其它的疫苗一样，并没有很明显的不良反应，只有极少部分的人因体质的不同，出现部分的不适。主要有在接种部位，出现红，肿和硬结，疼痛是非常常见的副作用之一。
打宫颈癌疫苗有导致注射部位的红肿、疼痛、发烧、恶心以及皮疹等副作用，但是持续时间都不会太长，多可自行缓解，不需要特别处理。可以通过注射宫颈癌疫苗起到预防宫颈癌发生的作用。