先用洗液清洗外阴，然后戴上指套，将甲硝唑凝胶从阴道口内塞到阴道的最深处，通常需要每天晚上用药一次，连续用药一周，停药后4天再复查白带常规，看阴道炎的恢复情况。
此药治疗妇科细菌性阴道病、滴虫性阴道炎或者混合阴道炎常用的药物，也多用于厌氧菌感染的治疗，是一个抗生素消炎制剂。平时阴道分泌物比较多，局部瘙痒，红肿疼痛，异味白带，可以按疗程用此药治疗。
甲硝唑凝胶的作用是进行炎症性丘疹、脓疱疮、酒渣鼻红斑的局部治疗。可用于厌氧菌感染和滴虫感染的治疗，是不含有激素的，使用后一般不会对身体造成不良影响。如果有滴虫感染，可以外用甲硝唑凝胶进行治疗，放入阴道深部就行。要清淡饮食，注意个人卫生。
黑头作为痤疮的一种，往往好发于面部，尤其是鼻头处，密密麻麻的黑头不仅影响美观，治疗方式若不正确还有可能造成毛孔粗大、色素沉着等。目前针对黑头的治疗多采用甲硝唑搭配维甲酸类药物如15%的壬二酸。因为黑头形成不只是螨虫以及厌氧菌这类微生物感染引起，还伴有毛囊皮脂腺导管角化异常、皮脂腺分泌旺盛等因素。因此要有效的去除黑头，单用甲硝唑的效果往往不尽如人意。在使用甲硝唑去黑头时，可以采用多种方式。第一种相对温和，首先通过热敷鼻部促进毛孔打开，然后将甲硝唑凝胶热敷在鼻上停留30分钟，此时的黑头已经被软化，可以将软化后的黑头轻轻刮下来，并清洗掉凝胶，然后在鼻部患处点涂15%的壬二酸，将其均匀抹开后可以对其他面部皮肤进行正常的护肤。另一种方式则是先使用粉刺针或鼻贴拔出黑头，再将甲硝唑凝胶后敷在鼻部，约20分钟左右刮下凝胶并清洗鼻部，再将15%的壬二酸涂在患处，并对面部其他部位进行正常护肤。具体方法可以根据自身肤质进行选择。
具有广谱抗厌氧菌和抗原声虫的作用，用于预防和治疗厌氧菌引起的感染，比如呼吸道、消化道、腹腔感染等。该药在体内分布广散，可以进入唾液、脑脊液等，经过和葡萄糖醛酸结合发生代谢。
痘痘的学名是“痤疮”，是一种毛囊皮脂腺的慢性炎症性疾病。痤疮的发生主要与皮脂分泌过多、毛囊皮脂腺导管堵塞、细菌感染和炎症反应等多种因素密切相关。甲硝唑凝胶是一种外用涂抹的药物，呈淡黄色，可以用于局部的皮肤感染，炎症性丘疹、酒渣鼻红斑的局部治疗，非常适合用来祛除痘痘。轻中度炎症性的寻常痤疮，可以考虑用15%壬二酸局部外用治疗。由于现在长痘痘的人群非常广泛，而痘痘如何祛除又令人很困扰，所以如何准确高效的使用祛痘产品是非常关键的。联合甲硝唑凝胶和15%壬二酸一起使用，就能轻松达到治疗效果。比如红肿痘痘，可以先点涂甲硝唑凝胶抗炎，等凝胶干掉之后再点涂15%壬二酸，调节毛囊角化，溶解粉刺。有脓点的成熟痘痘，非三角区的成熟痘痘可以挤，挤掉脓之后点涂甲硝唑凝胶，隔绝空气来进行抗菌消炎作用；痘痘恢复后期可涂抹15%壬二酸，溶解粉刺，淡化痘印。