进行抗感染治疗。治疗的前提是医生评估局部脓肿是初期。如果脓肿形成范围比较大，这时候就需要切开排脓，否则病情会进一步加重，甚至脓液中细菌毒素被吸收，会引起脓毒血症，引起小孩高烧、畏寒、发冷、发抖，可能有生命危险。如果小孩肛周脓肿后期，脓肿破溃有脓流出，脓肿可能慢慢消退，后期还有可能形成肛瘘，可能会再次形成脓肿，或者早期形成脓肿之后，后期身体免疫力差，脓肿会再次发作。
对于肛周脓肿，西医常用的是抗生素，可以通过口服或者静脉点滴来进行治疗。
对于肛周脓肿，可以在浅浅的地方涂抹，如果是在皮肤比较浅的地方，那么就可以进行手术。反之，局部脓肿不是消失，而是扩大，或者是软化，就是已经形成了脓液，可以通过切口排脓。对于小儿肛周脓肿，父母要立即送到正规的医疗机构进行正确的处理，以促进病情的好转。上述药品需要在医生的指导下服用。
少数肛周脓肿用药物，热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需要手术治疗，单纯性脓肿的治疗可在截石位或侧卧下，用局麻或腰麻，在脓肿部位做放射状切口，放出脓液后，伸入食指探查脓腔大小，分开其间隔。必要时将切口边缘皮肤切开少许，以利引流，最后用纱条放入脓腔做引流。
初期肛周脓肿可以选择有效的抗生素治疗。肛周脓肿多由肛腺感染经内外括约肌间隙向下经外括约肌皮下部向外扩散而成，常位于肛门周围皮下部。局部可见肛门边缘皮肤红肿，伴硬结和触痛，后期可有波动感。
肛周脓肿一旦形成须手术治疗才能彻底治疗。肛周脓肿是指肛周直肠周围组织或周围间隙出现急性化脓性感染并形成脓肿，称之为肛管直肠周围脓肿，又叫肛周脓肿。肛周脓肿是一个感染性疾病，起先会在肛周感觉到有硬结，继而发展出现疼痛、红、肿，会出现坐卧不宁、排便困难、里急后重乃至出现全身性因素，比如发热、寒战、乏力这些症状。