首先要治疗小儿的慢性肠炎，要根据孩子的肠道是否有不同的分类，如果是细菌性肠炎，可以口服一些抗生素，在医生的建议下使用。同时要及时的用药物来治疗儿童的慢性肠炎，如果病情稍微好一点的话，如果不及时停止用药，可能会导致病情加重。小儿慢性肠炎的患者可以及时前往正规医院，在医生指导下使用必要的药物进行治疗，改善腹泻、腹痛等情况。
小儿慢性肠炎可以通过饮食和药物来进行调理。
1、饮食调理：宝宝平时要吃清淡易消化的食物，可以多吃小米粥、烂面条、鸡蛋羹等，帮助消化，缓解肠胃的不适。父母不能强制孩子吃东西，要按时、定量地吃。
2、中药调理：小儿康颗粒、醒脾养儿颗粒、加味保和丸等都是可以治疗小儿脾胃的疾病，但是要在医生的指导下使用，尽量不要擅自使用，以免出现副作用。
孩子患上了肠炎要不要看病情的严重性，如果孩子患上了肠炎，症状并不是特别的严重，只要经过及时的处理，就会迅速康复。但如果是重度胃肠疾病，伴有脱水、电解质紊乱、全身毒性反应等，可能会导致威胁宝宝的生命健康。
需要立即进行治疗，可以在医生的指导下使用头孢克洛干混悬剂等，并可以通过口服补液盐散（III）、静脉滴注葡萄糖等来进行治疗。
小儿慢性肠炎的发病率很高，一般是因为病毒感染而导致的，一般情况下，小儿慢性肠炎的治疗主要根据病毒和非侵入性细菌来判断。
临床表现出明显的中毒症状，尤其是新生儿、婴幼儿、重症患儿可选用抗生素。抗生素不能治疗由病毒引起的肠炎。治疗由寄生虫引起的肠炎需要服用一些抗寄生虫的药物。可以适当选择胃肠粘膜保护剂和微生态治疗。
小儿慢性肠炎多位于胃肠道部位，可能是脾胃虚弱所致。
慢性肠炎分为细菌性感染和真菌性感染，患病情况下建议在医生的指导下使用合适且敏感的抗生素药物进行治疗，如果效果不显著，建议及时去医院就诊，可以进行尿便常规的检查，明确病因后再对症治疗。治病期间，建议患者选择清淡易消化的食物进行食用，少吃辛辣刺激的食物，以免加重肠胃的不适，加重病情的发展，多注意休息，适当进行户外运动，加强身体免疫力。
小儿慢性肠炎一般不能自愈。
小儿的抵抗力一般都很弱，所以一旦出现了慢性肠炎要及时的进行相应的处理。如果是由于细菌感染引起的肠炎，可以在医生的指导下口服头孢类的抗生素，同时还可以口服止泻、镇痛等。
如果小儿出现反复发热可能是因为病毒感染导致的，需要给予患儿进行退烧，口服一些有益于健康的益生菌，还需要补充一些电解质。
在这个过程中要吃的东西要清淡，要注意保暖。