肛瘘临床症状主要是表现肛旁肿痛伴间歇性流脓。可出现肛门潮湿，严重时会出现肛门瘙痒，挤压外口，有脓性分泌物溢出，可扪及一条索状管道通向肛门。肛瘘是由于肛管或直肠与肛门因病理原因导致相同的一种异常管道。
肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
可以观察脓液的多少，脓液减少，周围红肿减少，说明肛瘘在渐渐变好。多注意宝宝肛门出的干燥，清爽。尽量少的接触不干净的东西。少吃油腻饮食，应多吃清淡含丰富维生素的食物，如绿豆，萝卜，冬瓜等新鲜蔬菜。
宝宝在患上肛瘘以后，会因为肛门周围皮肤分泌物的刺激，出现瘙痒的症状，经常用手去抓挠肛门儿部位，这时检查一下宝宝的肛门周围，会发现宝宝肛门周围的皮肤变色，表皮有脱落。刚形成的肛瘘流脓比较多。味道很臭，颜色发黄，慢慢的逐渐减少，时有时无，呈白色。由于瘘管不受控制，还会一个劲的放屁。
肛瘘常常会伴有肛周的干痒和有脓肿出现，也会使肠胃发生不适出现腹胀，腹痛的症状，排便也会受到影响，而且反复发作，长时间不愈合，和愈合以后很快又会肿痛破溃，肿痛和破溃这两种病症是交替出现。甚至伴有出血的症状。肛瘘这种病，是由肛周脓肿发展而来的。
