牙根黑有可能是牙根周围存在牙结石，或者是牙根出现了根面龋坏。牙根部的牙结石是由于牙周炎所引起，牙周炎局部会有很多的牙结石，牙结石向根方发展，覆盖在牙根表面，就会出现牙根变黑。在临床上通过龈下洁治、刮治、根面平整，可以将牙结石去除。如果是牙齿根部出现了根面龋坏，牙齿根部会有比较明显的凹陷，出现硬组织的缺损，是龋齿，需要进行充填治疗。
牙齿上有黑斑，有可能是龋齿形成的。龋齿俗称虫牙、蛀牙，是细菌性疾病，可以继发牙髓炎和根尖周炎。如不及时治疗，病变继续发展，形成龋洞，终至牙冠被完全破坏。细菌感染与蔗糖及碳水化合物饮食过多是主要的致病原因。
牙垢的累积引起的颜色变暗发黑，长期口腔卫生不好，大量细菌沉积在牙齿上，尤其是根部，形成特有的牙结石牙石长期刺激牙龈，一些平时有抽烟习惯，或是经常饮咖啡，浓茶的人，如果在平时没有注意及时清理口腔，久而久之牙齿上吸附的色素和牙垢就会慢慢在牙根处累积，慢慢地形成了暗黑色牙结石，给人一种牙根处发黑的视觉反应。
牙根黑，有可能是有牙结石。如果平时卫生习惯不太好，就会导致大量食物残渣在口腔内残留，软垢钙化，慢慢形成牙结石。平时吃的食物有一定的色素，色素沉积就会导致牙结石的颜色发黑。牙结石一般附着在牙齿与牙龈缝隙处，看起来就像牙根变黑了一样。另外也有可能是因为牙龈萎缩，导致牙齿根部暴露出来，出现了牙根发黑。
牙根发黑，最常见的是牙骨质龋，也就是牙齿的根部发生了龋坏形成的发黑，通常来说，牙根发黑多见于牙根都有食物残渣，牙石的刺激，细菌在牙菌斑的作用下发酵产生引起牙齿的脱矿，时间久了就会形成牙骨质的龋坏。除此之外，牙根发黑也常见牙齿长期处于一种黑色的环境中引起的一种牙齿外源性着色。