肛周脓肿初期症状主要是哭闹，接触肛门或排便时哭闹加重。随着脓肿形成，可以见到肛周红色肿块，起初肿块质硬，逐渐肿块中间变软破溃溢脓，形成肛瘘，这时患儿哭闹减少，破溃口会反复溢脓。
骨盆直肠窝脓肿全身症状重，先寒战高热，周身倦怠，严重可有败血症的中毒症状。局部症状轻，仅有直肠下坠感，酸痛或不适的表现，亦可发生排尿困难。直肠后脓肿全身症状与骨盆直肠窝脓肿相似，但局部症状主要在尾骶腰部酸胀坠痛，向背部及两侧大腿放射，尾骨有压痛，不能端坐。直肠粘膜下脓肿有周身不适，倦怠，发热。
骨盆直肠窝脓肿全身症状重，先寒战高热，周身倦怠，严重可有败血症的中毒症状。局部症状轻，仅有直肠下坠感，酸痛或不适的表现，亦可发生排尿困难。直肠后脓肿全身症状与骨盆直肠窝脓肿相似，但局部症状主要在尾骶腰部酸胀坠痛，向背部及两侧大腿放射，尾骨有压痛，不能端坐。直肠粘膜下脓肿有周身不适，倦怠，发热。
早期症状主要表现为肛周肿物隆起、色淡红、皮温高、伴疼痛、发热，这是感染化脓性疾病，有的脓肿可出现破溃、流脓。之后疼痛症状会减轻，破溃口会间断的分泌分泌物，肛周脓肿也会再起，反复发作。
肛周脓肿的表现症状会出现发热，红肿，浑身无力，食欲不振，瘙痒等症状，肛周脓肿可以配合医生口服一些药物来治疗，严重的情况下还需要通过手术的方法来治疗，肛周脓肿通常是便秘导致的一种疾病，新鲜的蔬菜和水果，多吃苹果。