儿童囊肿引起的原因主要是胎儿发育异常，起源于一位胚胎残余组织的外胚层组织，是胚胎晚期，在继发性脑细胞形成时，将表皮带露的结果。资料显示，结核性脑膜炎行鞘内注射后，脑囊肿可为多发，囊肿缺乏血管，实验上，直接把皮肤碎片注入小鼠的脊髓，产生同样的囊肿。
通常情况下，儿童腘窝囊肿是滑囊疾病、膝关节炎、半月板损伤等原因引起的，具体分析如下:
腘窝囊肿指腘窝深部滑囊肿大或膝关节滑膜囊向后膨出的统称，引起膝后部疼痛和发胀，并可触及有弹性的软组织肿块。儿童腘窝囊肿的病因和发病机制极为复杂，至今未完全阐明，多与滑囊疾病、膝关节炎、半月板损伤等有关,建议家长带孩子去医院检查，明确病因，然后对症进行治疗。
一般情况下，骶管囊肿大部分的病例都是先天性的，都是因为先天不完整而导致的。感染因子及外伤均可能导致该种疾病。具体分析如下：
1、先天性畸形：骶管囊肿多是先天性的，早期囊肿与蜘蛛膜下腔相连，有脑脊液流入，到了晚期，由于脑组织不能正常排出，或者是压力变化，造成囊肿的形成，从而引起腰部、骶尾部、会阴部等一系列的症状。
2、后天因素：骶管神经根和周边组织发炎是导致骶管囊肿的主要原因。此外，因创伤或医疗原因造成的硬脊膜缺损而形成囊肿。
膝半月板囊肿的病因目前尚未完全明确，其病因与退行性变性、畸形、外伤等因素有关。
1.退行性变性：膝关节半月板囊肿与肌腱囊肿是由退行性病变所致。原发病原因是由于结缔组织发生变化，而显微镜下则是由纤维状变性引起的，而纤维状的结缔组织已经被分解。
2.畸形：多数发生在半月板的边沿。较小的囊肿仅2毫米，被纤维包裹。内侧膝关节半月板囊肿是一种罕见的疾病，其原因是由于内侧副韧带与内侧半月板之间存在着密切的联系，没有可能存在的腔隙，而且内部半月板的可动性较低，很少受到损伤。侧半月板存在大量的空洞，并不存在粘连。囊肿多发生在半月板的外周处，通常会扩张并伴有凝胶状的东西，在外伤后会出现暗棕色的脓包，随后会慢慢的发展成为一个囊腔。
3.外伤：外伤导致的半月板囊变性，与纵裂症类似，由于活动导致的局部流血和囊变性。部分患者在受伤后6~12月出现了囊性改变。损伤部位多在外侧半月板中1/3处，而外侧半月板的边沿比内半月板的边沿要粗，容易造成损伤。
通常情况下，先天性肝囊肿是胚胎期肝内胆管和淋巴管发育障碍所致。具体分析如下：
先天性肝囊肿是由于肝内迷走胆管或胚胎期肝内胆管和淋巴管发育障碍引起的，成人以女性多见，常发生于40岁以上，小儿很少发生，但也有零散报告，发生于肝右叶者比左叶多，且以孤立性肝囊肿多见，临床表现主要有右上腹疼痛、肝大或腹部肿块等，部分可有黄疸。建议患者去医院检查，明确病因，然后对症进行治疗。
胰腺假性囊肿可能是胰管狭窄、胰腺炎、外伤等原因引起的。肥胖者、嗜酒者、胆源性疾病患者易患胰腺假性囊肿。
1、胰管堵塞：胰管狭窄、胰管内有结石、栓子等原因造成胰管堵塞，胰管压力增高，导致胰管破裂，胰管周围有液体积累。
2、胰腺炎症：胰腺假性囊肿可由急性或慢性胰腺炎引起。
3、外伤：主要发生在钝性、穿透性、外科创伤等外伤中。
4、肿瘤：由胰腺癌引起的假性囊肿。
5、寄生虫：寄生虫会导致诸如蛔虫、囊虫等的胰腺假性囊肿。
