中医认为自闭症是先天不足，肾精亏虚。肾为先天之本，藏精生髓。脑居颅内，由髓汇集而成，若先天肾精不足，导致肾精亏虚不能化髓充脑，神明用之不足，元神不得滋养，而发为精神活动异常。
自闭症是由生理因素形成，如神经机能发展、生化机能发展、遗传因素或脑部受损所致。自闭症严重会影响脾虚和肝气郁结的问题造成运化营养的能力下降，进而影响其他器官的平衡和大脑的发育。
导致儿童自闭症病因不是太明确，90%是因为遗传引起的，10%为环境因素。具体和母亲怀孕年龄，孩子的出生体重、胎儿发育情况、出生时阿氏评分以及生育次数等都有关系：比如早产、低出生体重，母亲年龄大于等于35岁，出生时有窒息缺氧病史等。其次是缺乏心理理论，这是一种能力：体察自己和他人的心理状态（需要、信念、愿望、意图、情绪、知识、感知），一般儿童4岁左右就具备了心理理论，自闭症儿童存在明显缺陷。
引起自闭症的危险因素可以归纳为：遗传、感染与免疫和孕期理化因子刺激。家庭因素环境因素：早年生活环境中缺乏丰富和适当的刺激，没有教以社会行为。或长期处在单调环境中的儿童，会用反复动作来进行自我刺激，对外界环境就不发生爱好。
退化型自闭症是由于后天环境引起的，大部分出现在12个月到24个月之间，一般通过医学生的治疗，行为心理治疗极特殊的教育，言语治疗，以及社会治理等积极的治疗，这种退化型的自闭症是可以缓解的。
小孩天生自闭症是婴儿在发育过程中有神经方面障碍的原因引起的。例如神经内分泌异常或者是神经递质发育不正常，还有就是婴儿的免疫系统出现异常，导致自身没有抵抗力，身体中细胞数量减少。
