有的，儿童进行雾化吸入，会有一定的不良反应和副作用，雾化中可能含有抗生及激素类的产品，会导致口腔黏膜的菌群失调，诱发口腔溃疡，这种烟雾刺激也有可能会导致恶心呕吐，在雾化前半小时不能够进食。遵照医嘱，按照疗程进行使用，避免长期进行治疗。这种治疗措施属于辅助治疗。
雾化是临床治疗呼吸道疾病的一种有效的治疗方法，是把治疗药物通过雾化机雾化成气雾状以后通过呼吸把药物吸入呼吸道，直接作用在气管上。常用于儿童和成人支气管炎、支气管哮喘、慢阻肺等治疗，和静脉用药比较用药少疗效好，特别是可以减少激素的应用。
一般情况下，雾化对儿童是有一定的副作用的。雾化的一般通过应用对症的药物，药物可以直接作用于患儿的咽喉部，使黏稠的痰液逐渐被稀释，并在咳嗽时排出。需要注意的是，在雾化过程中，药物产生的气流可能会对咽喉部造成一定的刺激，容易出现恶心、想吐等不适症状。同时，雾化所应用的药物中可能会有激素类药物，这些激素类药物可能会刺激口腔黏膜，出现口腔感染等情况。
儿童出现咳嗽，如果是上呼吸道感染，可以通过雾化吸入的方式治疗，如果出现咳嗽咳痰，痰液不容易排出，也可以雾化吸入，促进痰液排出，雾化吸入，可以去医院听诊检查下，支气管炎的话考虑输液治疗效果比较好，多喂开水，避免着凉。
小孩子有可能对雾化吸入的空气有过敏的反应，孩子的面罩放得过紧，引起小孩呼吸不畅，哭闹导致咳嗽加重，小孩由于恐惧雾化吸入，引起哭闹不安，返流，呛咳，本身原发病就是处在急性期，炎症没有得到很好的控制，存在气道高反应，所以雾化的时候会咳嗽。