一旦确诊，立即禁饮食，一般需要禁食5-10天，腹胀明显的给予胃肠减压。静脉补充液体及维持营养，禁食期间必须静脉补液，维持水电解质及酸碱平衡。有肠穿孔，腹膜炎症状明显的经内科治疗无效者应积极行手术治疗。
首先是禁食一旦发现立即禁食，轻者5～10天重者10～15天或更长，腹胀明显时给予胃肠减压，禁食期间必须静脉补液，维持水电解质及酸碱平衡营养支持，可根据培养药敏选择抗生素来抗感染，对症治疗。
新生儿坏死性小肠结肠炎的表现轻者可有腹胀、呕吐、腹泻或者便血，重者伴有全身非特异性的败血症，其他可有呼吸暂停、心动过缓、嗜睡、休克等感染中毒现象，早期可以胃排空延迟之后出现腹胀，严重的还可出现呕吐及消化道出血。
新生儿坏死性小肠结肠炎特征是在小肠远侧和近端处，常见的是早产婴儿和足月婴儿，男性多于女性。
一般在出生后2-3个星期内出现，首先是腹部肿胀，其次是恶心，其次是有胆汁或咖啡渣样物质；最后是大便和大便，可以是鲜血、果酱样和黑色，x光检查可以显示出小肠胀气，肠道形状坚硬，肠腔增粗，肠道腔内积气体，门脉气体。在进行治疗的时候一定要严格的禁食，在没有出现呕吐和腹痛症状的情况下，如果出现了进食的情况，就可以进行手术。
一般来说，新生儿坏死性小肠结肠炎需要通过以下途径进行治疗。
出现新生儿坏死性小肠结肠炎的情况，一旦确诊应当给禁食，禁饮食期间还应当遵医嘱给予葡萄糖脂肪乳、氨基酸等药物进行静脉补液，从而帮助维持水电解质和酸碱平衡。然后在医生的指导下使用第三代头孢菌素进行治疗。对于病情较为严重，甚至出现休克组长的新生儿，还应当在医生的指导下使用血浆、低分子右旋糖酐等药物来输注平衡盐溶液液。对于出现穿孔腹膜炎的新生儿，还需要考虑进行手术。
腹部X线摄片有助于对新生儿坏死性小肠结肠炎的确诊。新生儿坏死性小肠结肠炎临床上以麻痹性肠梗阻、肠腔间隔变宽、肠壁积气门静脉充气等为特征。严重病人有肠袢固定、腹水、气腹等症状，说明肠管坏死、腹膜炎、肠穿孔。
血气分析、血常规、血培养是判断病情的重要检查，主要表现为外周血中的中性粒细胞、血小板减少、代谢性酸中毒、呼吸性酸中毒、休克、弥漫性血管内凝血。如果有上述三种情况，就可以诊断为全身感染中毒，比如体温不高、脸色苍白、呼吸紊乱、心跳过缓等。消化道表现为胃潴留、呕吐、肉眼血便、腹胀、肠鸣音消失。