长时间使用会发生习惯性便秘。使用后，排便次数可能会减少。必须控制用量和时间。不能连续使用超过两周。不能被吸收。使用后只能排出部分西甲硅油。肠壁上残留的很容易影响宝宝营养素的吸收。
西甲硅油会阻碍孩子的营养吸收，会导致肠道蠕动减弱，不利于肠道对食物的分解和消化，甚至容易导致习惯性便秘，这种药物如果长期服用，对孩子的危害还是比较大的。
西甲硅油是一种具有表面活性的胃肠道用药，服用后不会被吸收，但是可以改变消化道中存在于食物或者粘液中的气泡的表面张力，使气泡分解。而释放出来的气体可以被肠壁和胃壁吸收，通过蠕动逐渐排出体外。在临床中，主要是用于由于肠道内产气过多引起的腹胀或者是腹部手术后卧床的病人。也可用于胃镜、X线、超声检查等作为双重对比显示造影剂的添加剂，用于消除胃肠道中的气体，使检查得更为清楚。
可以改变消化道中存在食糜和黏液内气泡的表面张力，可以使其分解，释放出的气体可以被肠壁吸收，并通过肠蠕动排出。而且西甲硅油不从肠道吸收，在使用过程中全身的毒性是比较小的，安全性也是比较好的。
西甲硅油婴儿的用量是1ml/次（相当于25滴），二甲硅油/二氧化硅混合到瓶装食物中，喂乳前或喂乳后喂服；儿童的用量：1-6岁儿童，1ml/次，3-5次/d；6-14岁儿童，1-2ml/次，3-5次/d。新生儿还是不要使用西甲硅油好一些，有可能会影响营养的吸收，孩子这么小，吃这种容易有胃肠道刺激。
柏西西甲硅油乳剂用于治疗由胃肠道中聚集了过多气体而引起的不适症状，如腹胀等，术后也可使用。可作为腹部影像学检查的辅助用药以及作为双重对比显示的造影剂悬液的添加剂。
