核磁共振没有电离辐射，对人体健康是没有危害的。主要可能存在一些风险，一个是核磁共振机器运转时会产生明显噪音，而且检查时孩子需要一个人躺在一个相对封闭的空间，会出现恐慌的情绪，长时间处在这样的环境下，噪音会引起耳鸣等不适，只要用棉球塞住耳朵，耐心安抚孩子情绪。
怀孕期间可以进行核磁共振检查，因为孕妇有肥胖、羊水不足、胎儿已经进入盆内，或者是产前超声无法确认的情况。
可以为胎儿胃肠道和消化道的异常情况提供更多的补充资料。建议孕妇和家人不要害怕核磁共振会产生辐射，也不要担心会对胎儿的发育有什么影响。在怀孕的3个月内，胎儿正处在细胞的分化发育阶段，因此要避免做核磁共振。
核磁共振是通过核磁共振来检测人体的内脏，不会产生辐射，所以不会对人和大脑造成危害，甚至连婴儿都不会造成危害。核磁共振的时候，身体要保持平稳，正常的扫描要20分钟，如果要做X光或者做血管造影，则要花费更多的时间，所以，宝宝只能在睡觉的时候做，或者是在睡觉的情况下使用镇定剂，这样才能让手术成功，影像清晰，结果也更加可信。
一般情况下，核磁共振是神经外科最常用的技术之一，应用于大脑病变患者，甚至是癫痫症患者。MRI可以检测到脑部的组织是否有任何的问题，比如肿瘤、出血、创伤、脑组织的畸形等。而且，清晰度更高，甚至可以通过谐波检测，观察到微小的损伤。CT会产生一些放射性物质，对于一些孕妇和即将受孕的女性来说，最好不要接触。而核磁共振成像则比较无放射性，因而更为保险。
人体一般无明显的危害。如有幽闭恐惧症，进行核磁共振检查时，可能会出现恐惧和躁动，可能造成危害；由于核磁共振机器会产生巨大噪声，尤为进行梯度切换时，如听力非常敏感的患者进行核磁共振检查，可能会造成心理影响。
