小儿在腹泻时多少都伴有肠道菌群的紊乱，可服用一些肠道微生态制剂，或肠黏膜保护剂。肠道微生态制剂和肠黏膜保护剂可以帮助缩短腹泻病程，效果良好。婴儿腹泻治疗方法具体还要看孩子的病情。病症重则需要去医院就医。
儿童腹泻应该做粪便常规检查、血清学检、免疫球蛋白测定等检查。
需进行粪便的细菌培养及病毒的检测。诊断是否存在肠道感染。可通过X光线，检查肠粘膜是否有损伤，病变的部位，肠壁是否有增厚；诊断肠息肉、肠肿瘤等疾病，可帮助判断外科手术的范围和手术方式。对肠道中的细菌进行检测，以了解疾病的种类，对疾病的诊断和治疗效果有很大的帮助。能在轮状病毒感染的诊断中起到一定作用。在鉴定细菌的类型、尤其是鉴定痢疾杆菌、大肠埃希氏菌等有一定帮助。另外，细菌的培养也可帮助我们了解肠道感染的病原体是否会对药产生过敏反应最后，可测定血清中的免疫球蛋白A、IgG、补体C3、C4含量，从而全面了解儿童腹泻病因，以便对症用药。
宝宝腹泻具体怎么治疗要结合宝宝大便的性状、大便的次数、大便量的多少，以及有没有其他异常表现而定。同时让宝宝适当的多饮水，避免宝宝脱水，并注意让宝宝尽量易消化饮食及加强腹部护理，避免腹部受凉，以免加重腹泻。
饮食不当是造成婴儿腹泻的主要原因，预防腹泻首先要合理安排宝宝的饮食。牛奶的温度、浓度要合适。添加辅助食物应遵循从简单到复杂，从少到多，循序渐进的原则。每添加一种辅食，都要观察一段时间，再更换或增加另一-种食物，让宝宝的消化能力慢慢适应。喝太多果汁或含糖饮料也可能会使宝宝肚子不舒服，大便变稀。
小儿治疗腹泻可以服用益生菌，如合生元、妈咪爱，可以改善肠道微生态，也可以服用中药帮助健脾胃。
不能给孩子滥用抗菌药，细菌导致的腹泻才能用抗菌药物，不要滥用收敛止泻的药物，急性期不能用，严重腹泻、呕吐导致脱水、酸中毒，若不及时处理容易有严重的后果，情况严重时要及时到医院治疗。久治不愈的腹泻导致食欲减少，可以煮胡萝卜汤给孩子喝，可以有效缓解腹泻。
虚寒腹泻通常仍可用药，经常使用的药是妈咪爱，培匪康也有丽珠肠乐之类的口服。还可以使用蒙石脱散、乳酸菌素片、乳酸菌素颗粒、肠炎宁片等，可以缓解身体不适。
小儿腹泻按其病因分为感染性与非感染性2类，它是一种以腹泻为主要表现的多因素、多病原所致的临床综合征，平时应注意保暖以免感冒。用药期间患者应该注意休息，规律作息，避免熬夜，并且注意保暖，避免着凉，避免吃辛辣、刺激的火锅、冰淇淋等食物，以免影响药效。