首先2岁以下儿童不适合服用肠虫清，有蛋白尿、化脓性皮炎以及各种急性疾病禁用。蛲虫病易自身重复感染，服药2周后应重复给药一次。脑囊虫病人必须住院治疗，以免发生意外。如果合并眼囊虫病时，必须先手术摘除虫体，再进行药物治疗。
孩子需要满两岁才可以吃肠虫清的，可以继续治疗，或者是服用药物进行驱虫治疗。使用了驱虫药服用不超过三天，同时避免在饥饿的状态下服用。咱服用的期间也需要注意，避免服用生冷和油腻的食物。
一般情况下，不管是否有肠道寄生虫，正常使用肠虫清，对人体几乎没有什么影响，会有一点点腹痛，大便性状还可能出现一点不正常，应该注意观察，通常两天后都不会有什么毛病。如果发现孩子的肚子里有虫体，一定要及时进行驱虫治疗。最近应加强对小孩子大便中有无蛔虫卵或蛔虫的观察。
此外，小孩吃肠虫清后应该合理饮食，避免进食油腻、辛辣的食物。
吃完肠虫清后并没有什么反应，大多数服用肠虫清后几小时会有驱虫效果，也有少数可能在一周左右才会有驱虫效果出现。一少部分服药以后会出现轻度头晕，头痛，恶心，腹泻，乏力，口干等症状，这是药物的不良反应。
孩子本身有严重的肝、肾功能不全，是不能够口服肠虫清的。还有些孩子口服肠虫清后，容易出现以下的不良反应，包括轻度的头痛、恶心、呕吐、腹泻等，不用特别处理，多数情况下是自行消失的，不用过于担心。
小孩服用这种药物之前，首先要明确存在肠道寄生虫感染。另外，这种药物适合两周岁以上的孩子服用，注意服药剂量，如果剂量不足，虫体没有麻痹到，受到药物刺激影响，是可导致虫体游窜而出现腹痛，或是出现肠梗阻和胆道蛔虫等后果的，且驱不出来。剂量过大则对健康不得，有可能导致中毒且损害肝脏，因此要注意避免常服或是过量服用驱虫药。注意对于肝、肾功能不全、脾胃虚弱、急性发热的儿童不宜用驱虫药。