通常来说，婴儿老是摇头可能是多种原因导致的，具体分析如下：
首先，可能是由于维生素D不足引起的。维生素D缺乏性佝偻病是婴幼儿常见的疾病，主要是因为缺少阳光，长时间的拉肚子，以及营养不良。初期的症状主要有夜间盗汗、夜惊、烦躁、摇头等，多见于6个月以内的婴幼儿。如果不及时治疗，可能会发展为方颅畸形、手镯足镯畸形等。
如果是刚出生的宝宝，神经系统发育不完善，可能会出现无意识的摇头随着宝宝年龄增大，发育完善会好转。如果宝宝睡觉的时候总是摇头，同时伴随头部出汗多，可能是宝宝有缺钙的表现，头皮痒，宝宝会通过摇头的方式来缓解头部瘙痒，长时间会形成枕秃，需要给宝宝进行补钙补充维生素d治疗。
消化不良引起。孩子由于年龄小。消化功能尚未健全在加上喂养方式方法不当等有关系。少量多次喂养，一次喂的不可以太饱。可以适当增加点益生菌的有助于改善宝宝消化和大便的！注意保暖，不要着凉。
3个月的婴儿睡觉老是摇头可能是湿疹、佝偻病等原因导致的，需要可以对症治疗，具体内容如下：
1.湿疹：如果婴儿头部出现湿疹，可能会引起局部瘙痒，婴儿可能会通过摇头的方式缓解局部瘙痒的症状，从而出现3个月的婴儿睡觉老是摇头的情况。可以在医生的指导下使用维生素B6软膏、醋酸地塞米松乳膏、维生素C片等药物进行治疗，还可以使用硼酸溶液进行冷敷。
2.缺钙：由于缺乏维生素D或钙元素，影响脑神经系统的发育，容易出现3个月的婴儿睡觉老是摇头的情况，婴儿可以吃富含维生素D的食物，如鸡蛋羹、牛奶等。
宝宝有尿是导致宝宝打颤、摇头的主要原因。宝宝摇头、打颤，也有可能是因为缺钙，所以如果出现了枕头，可以适当的补充钙剂和鱼肝油。发烧引起宝宝摇头、打颤，要量体温，发烧时要给予宝宝吃一些退烧的药物，物理降温，多喝温开水。经常打颤、摇头等情况，建议及时到医院儿科就诊，在医生的建议下进行检查，明确诊断后才能进行治疗。
宝宝摇头也可能是习惯性的动作，也可能是模仿别人，如果宝宝同时伴有特别爱动，或者是注意力不集中，那就要考虑是多动症的表现，当然也有可能是缺乏微量元素钙铁锌引起的，可以带宝宝去医院做检查确诊。