手足口重症第一期为手足出疹期，主要表现为发热，第二期为神经系统受累期，表现为精神状态比较差，嗜睡、遗精，第三期为心肺功能衰竭前期，多数发生在病程的5天之内，第四期为心肺功能衰竭期，此期间会出现神经源性肺水肿、循环功能的衰竭，第五期为恢复期，体温逐渐恢复正常。
在手足口发病的1到5天，手足口患儿除发热，手、足、口腔疱疹外，出现精神萎靡不振，嗜睡、头痛、呕吐，烦躁，肢体抖动、四肢无力、颈项强直等，属于手足口病重症表现。如果治疗不及时或治疗无效，而可以进一步出现心律、呼吸增快。
病情进展比较迅猛，会出现脑炎，脑干脑炎，肺水肿，循环障碍等。主要是针对神经系统颅内高压的治疗，呼吸及循环衰竭的治疗，不积极治疗，会有生命危险，或者是遗留有后遗症的可能。
重症手足口病的临床表现主要是肺炎、心肌炎和脑膜炎，如反复高烧、嗜睡、易休克、四肢颤抖、恶心和频繁呕吐等消化道症状。如果出现这种症状，你应该立即去医院住院。特定药物的使用和剂量应根据医生的话进行。
重症肺炎，心衰的早期表现通常有发烧、流鼻涕以及咳嗽，随着病情的迅速发展，可能会出现精神萎缩、皮肤灰暗以及面部苍白和腹胀的情况，重症肺炎患者也可能会出现循环系统受到连累，主要表现为脉搏微弱和心率加快，严重者还会出现肝脏肿大以及四肢水肿，导致心衰的出现，也可能会出现休克以及周围循环衰竭，大多数表现为面色苍白。
手足口病的普通病例的恢复期表现，是原有的症状基本缓解或消退，比如热退、咳嗽减轻、腹泻减轻，口腔粘膜疱疹破溃、溃疡面逐渐愈合，手足臀部的皮疹明显减少或消退，无色素沉着及瘢痕。而手足口病的严重病例，恢复期表现主要观察精神状况，如果精神状态好转，不再惊厥、昏迷，不再剧烈呕吐、头痛等，则说明病情被控制。
