新生儿心脏间隔缺损原因如下：
胎儿的心脏间隙缺损其实是胎儿期就有的，在产前就可以被检查出来，主要是房间隔或室间隔的缺损。一般来说，卵圆孔的未闭就是房间隔的缺损，在子宫内是存在的，但是在胎儿出生后，由于呼吸的变化，会自动闭合，这种情况也会有不同的临床表现和症状，要根据具体的情况进行处理，如果是室间隔缺损，那么以后就有可能要进行手术。
胎儿存在心肌缺损主要是因为吃了一些对胎儿有一定的干扰作用
。
此外，在妊娠期间，女性受到了某种病毒的感染，又比如暴露在辐射环境中。胎儿期心脏发育不完全，导致胎儿畸形，是一种很普遍的先天性心脏病。如不是很严重，可以在分娩后进行微创外科治疗，也可以通过外科手术来缓解症状。
此外，怀孕期间还要注意休息，不要熬夜和过度劳累，多吃新鲜的蔬菜和水果，有利于自身和胎儿的健康。
心脏间隔缺损通常是先天性的，这是由于胚胎先天性发育不良，导致出生时心室间隔不完全闭锁。手术应该在五岁前进行。这样，术后恢复更好。如果一直没有手术，心力衰竭通常会随着成年期活动量的增加而发生。矫正后，应该在病人能够承受的情况下选择手术。微创手术可以考虑在目前的医疗水平。
室间隔缺损是最常见的先心病，临床中很常见，主要是在孩子由胚胎孵化为心脏过程中受到干扰，干扰包括病毒、药物、射线，包括其他特殊的原因，在孵化过程孕前3个月干扰以后出现了心室间隔融合产生的问题，使室间隔上面出了一个异常的孔道，称为室间隔缺损。这种早期是可以发现的。
心脏间隔缺损严重与否，要根据缺损的大小、位置、是否自行愈合等情况来决定。室间隔缺损分为室间隔缺损和房间隔缺损，其中室间隔缺损比房间隔缺损更危险，通常为先天性疾病，缺损小于3mm，可以自愈。但如果缺损大于5mm，其自愈率相对较低。长期这样的缺损会导致左心血液分流到右心，长此以往会导致右心负荷过重，出现肺动脉高压、右心衰竭、活动耐力下降等现象，影响生活质量，是比较严重的。
一般情况下，室间隔缺损如果小于6mm，并且不伴有其他畸形的新生儿，可以自愈。具体分析如下：
室间隔缺损是新生儿的常见症状之一，在先天性心脏病当中占比相对比较高。但家长一般不需过于担心，因为如果新生儿室间隔缺损如果小于6mm，并且不伴有其他畸形的，通常在一岁之内会自愈。但如果室间隔缺损超过6mm，同时伴有其他部位的畸形，则很难能够自愈。建议家长在新生儿出生后每3-6个月复查一次心脏彩超，观察缺口大小的变化，发现问题早治疗。