新生儿在出生后要打的是卡介苗和乙型肝炎，在生后三日就要进行皮下注射。
如有皮肤的病变、发烧等早产儿，可以暂时停止使用卡介苗，因为有可能存在先天免疫障碍的婴儿不能打卡介苗，以免引起身体的全面感染。在出生24小时以内注射乙型肝炎，第二、三次注射分别为1-6个月。如果母亲是乙肝病毒携带者，那么孩子出生后6个小时内要注射100个单位的高质量的乙肝免疫球蛋白，还要打乙肝疫苗。
新生儿接种乙肝疫苗的时间为出生后24小时内接种第一次，然后分别在1月龄、6月龄的时候再次接种，共3次。乙肝疫苗接种同样有一定的禁忌证，如携带乙肝病毒、对疫苗的成分过敏、患有神经系统疾病、重度营养不良、先天性免疫功能缺陷、正在使用免疫抑制剂等人群禁止接种乙肝疫苗。
如果孩子没有什么异常，疫苗可以在第二个月注射。乙肝疫苗需要注射三针，第一个月一针，第二个月一针，第六个月一针。现在它可以推迟一个月，到当地的防疫站进行接种就可以。未接种之前，要注意预防感染。
宝宝要在出生24小时内立即注射乙肝疫苗，然后是一个月和出生半年时，一共三针。如果乙肝妈妈的孩子要在出生当天注射乙肝疫苗及乙肝免疫球蛋白，阻断乙肝感染，再一个月及六个月后注射乙肝疫苗。
为了有效的预防乙肝病毒的传染，乙肝疫苗的免疫接种纳入基础的接种范围以内，孩子出生以后，按照0-1-6月份的时间进行正规的疫苗接种。新生儿的母亲是乙肝病毒感染者，尤其是大三阳的患者，孩子出生以后，除了正规进行疫苗的接种，还需要使用乙肝高效价免疫球蛋白，一般在出生后24小时内尽早使用，然后在半个月以及一个月的时候，分别再次使用，可以有效的预防乙肝病毒的垂直传染的发生。
婴儿乙肝疫苗接种3次，第1针于生后24小时开始。
第2针是在生后第1个月或1个半月后打，不宜推迟过久，否则，很可能造成接种不成功。如果孩子是第一次免疫，应该间隔三个月以后再进行第二次或第三次的接种，这样才不会出现不良反应。第3针于第6或6个半月后注入。
注射乙肝疫苗3次后约两个月，需到医院复查婴儿体内有无乙肝抗体阳性，以确定接种成功与否。
由于乙肝抗体保留在机体的时间因人而异，一般是10年左右，成年时可选择打乙肝加强针，增加防御力，还可选择注重保护，增强身体素质，以防止乙肝感染发生概率。