不同的地区，不同等级的医院治疗矮小症的费用会有所差异。
首先要查明矮小症的病因，检查费用约2000元左右，要进行干预治疗，生长激素治疗是根据孩子体重计算的，通常个月在1元以下，年龄越大的孩子，因体重更重些，需要的费用相对更高。如30kg的孩子用生长激素治疗一个月约5000元，通常治疗的疗程都在1年以上。
矮小症需要治疗多久是不一定的，根据儿童的具体病情和治疗方案，会有不同的治疗时间。
由于不同的儿童体质不同，所以生长的时候并没有固定的标准，越是年轻的儿童，生长的几率就越大，而且是尽早的进行治疗。可以口服生长激素，并进行运动和补充钙质的补充剂来促进身体的发育，具体的治疗要看宝宝的具体状况，只要荷尔蒙的分泌是正常的，那么就可以靠自己来促进身体的生长。
如疑似患儿患有矮小症，需到医院进一步检查。
矮小症的检查，比如说探测骨龄，看是否超前或滞后，女生的话也要进行子宫及附件彩超。在这个过程中，医生要仔细地观察孩子身体各部位是否正常，尤其是身高上的变化，比如腹部的脂肪多少。也有用抽血化验的，观察儿童血液生长激素含量。在体检时也要注意一些细节问题，比如血常规的测定。同时也要进行甲状腺功能检查，头颅磁共振检查，尤其是有关脑垂体的检测。
儿童矮小症需要做的检查如下：
第一步，要做全身检查，首先要做的就是测量孩子的身高、体重，然后和正常的小孩做比较，看看是否达到了标准值。第二，询问患者的病史，比如家长的身高，这也是影响孩子身高的一个重要因素，根据基因的不同，可以考虑到孩子的基因身高。第三，需要做一些相关的化验，比如生长激素、甲状腺功能、肝、肾、血常规等，以找出导致儿童矮小症的原因。第四，通过拍骨龄来确定孩子的骨龄。第五，核磁共振是一项重要的检查，以确定是否存在脑垂体肿瘤。
特发性矮小症需要治疗。
所谓特发性矮小症，就是没有找到确切原因，其比重亦不乏其人，这类病人还需积极救治，因为若在儿童骨骺闭合前完全能赶上生长，达正常儿童高度，若漏掉骨骺闭合之前这个时期，骨骺一闭合，不能再长高了。
建议特发性矮小症的患者注意合理饮食，多吃鸡蛋、牛奶、牛肉等食物。同时可以在医生的指导下使用碳酸钙、乳酸钙等药物进行治疗。
矮小症的治疗主要包括原发病的治疗、心理辅导，以及药物治疗等，具体分析如下：
1.原发病的治疗：比如肾小管酸中毒引起的矮小症，在对症消除病因以后，身高增长可以慢慢恢复。因为颅脑外伤、放疗、肿瘤引起的继发性生长激素缺乏症，要对症进行外科或者手术治疗。
2.心理辅导：主要是因为患者身材矮小，患者可能会产生自卑、不愿接触人群及社会等消极心态，应该帮助建立对疾病正确的认识，保持积极的心态。
3.药物治疗：主要是采用重组人生长激素进行治疗，生长激素除了用于生长激素缺乏性的矮小症。