小儿矮小症可以采用药物治疗、手术治疗等。
矮小症的治疗药物选择，需经由医生综合评估后，在医生的指导下使用。重组人生长激素，生长激素缺乏性矮小症首选药，可有效提高患者的生长速率，改善成年身高。
因肿瘤等引起的继发性生长激素缺乏症，除了进行生长激素等内分泌治疗以外，还要对症进行手术治疗，如垂体瘤要进行选择性经蝶或经颅垂体腺瘤摘除术等。
矮小症的治疗方面首先判断病因，包括内分泌的因素、非内分泌的因素。内分泌的因素常见的包括生长激素的缺乏，与垂体有关，也与颅内的一些病变有关。如果颅内有一些器质性的病变，可以针对器质性病变进行治疗，之后如果需要进行生长激素的替代治疗，就给予生长激素的替代。
对矮小症患儿大多因生长激素不足所致，需皮下注射生长激素，治疗时患儿年龄愈小愈有效，在治疗同时，提出了高效补锌、硒和其各种微量元素。
另外在饮食方面可以增加蔬菜和水果的摄入，适当控制蛋白质摄入量，避免高脂肪高蛋白食物。改善孩子饮食习惯，孩子运动量少，需加强锻炼，转变生活习惯，有必要改变孩子睡觉晚的毛病。
矮小症可通过应用生长素、积极锻炼、进行心理调节等进行治疗。
由于长期腹泻或营养不良所致的矮小症，需通过改变饮食来增强患者身体营养，并通过治疗腹泻来缓解矮小症。生长激素缺乏症患者可采用生长激素针治疗，普通矮小症需要1-2年左右才能达到理想的治疗效果。可根据自身情况选择生长激素注射剂量。孩子出现矮小症后，不仅要补充营养，还要注意锻炼，要加强运动，尤其是弹跳运动，并保证孩子充足的睡眠。同时孩子身材矮小会导致自卑、抑郁等，家长可通过心理辅导，与孩子进行沟通，如培养兴趣爱好，增强自信，逐渐改善孩子抑郁等心理问题。
宝宝矮小症需要找出病因，对症治疗，具体内容如下：
宝宝矮小症是由睡眠不足、营养严重失衡、缺乏运动、生长激素缺乏、性早熟、甲状腺功能障碍、心理伤害等原因造成的生长发育不良，主要表现为身材矮小、生长速度慢、代谢异常等。宝宝矮小症的治疗首先需要找出病因。如果是甲状腺功能异常，可以用甲状腺激素治疗。如果是因为生长激素缺乏，可以补充生长激素进行治疗。培养孩子合理的饮食习惯，适当的运动，可以促进孩子长高。
婴幼儿矮小症通常可以通过日常护理、使用药物等方法来治疗。
在出现婴幼儿矮小症的情况后，通常需要针对儿童矮小的原因，采用个体化的治疗方案。矮小症是由于各种原因引起的，需要及时发现原因，根据病因进行治疗，适当给予营养、运动和心理治疗。此外，基因重组人生长激素是目前常用的激素替代疗法。一些患者经过全面的治疗后，可以达到正常的身高。