做了药流有四十天了还在流血考虑有宫腔残留的可能性，有宫腔感染的可能性，有子宫复旧不良的可能性，有滋养细胞疾病的可能性，同时也不能排除可能是宫腔内合并宫外怀孕的可能性。首先需要做妇科彩超，观察一下子宫的大小，以及宫腔内有没有残留，同时也要观察宫腔之外，输卵管以及卵巢等其他部位有没有异常包块的存在。
药流两个月了还在流血，这是不正常的，要及时去医院做子宫B超检查，可以排除是否有流产不全的情况，因为在药物流产以后，如果有胚胎组织残存在子宫内无法排出体外，就可能会导致反复流血的情况出现。此外也要注意观察是否有阴道瘙痒、阴道异味等症状，因为在流产以后，如果出现了阴道或者子宫内的部分真菌感染性的疾病，也会导致反复不愈的流血。
一般情况下，药流十五天了还在出血，建议患者应该去医院进行妇科彩超或者阴超检查，查看子宫内是否还有残留物或者淤血，建议患者先服用宫血宁的药物进行止血。另外，如果患者检查结果如果是流产不全，还需要再次进行清宫术，同时患者可以在医生的指导下服用益母草颗粒、新生化颗粒等药物进行治疗，可以起到活血祛瘀调经的作用。在这期间建议患者注意好个人卫生，避免同房。
感染了疟疾要去当地的传染科进行治疗，在疟疾急性发作的时候相关药物来进行治疗，可以口服药物治疗3天，可以使用药物来清除休眠的疟原虫预防复发，同时对症治疗发热可以适当的给予退热等综合处理。
如果是服用量紧急避孕药以后阴道流血时间比较长，此时可能是影响了内分泌，可以服用妇科止血灵治疗瞧瞧，注意外阴的清洁，阴道流血时宫颈口是开大的，容易于增加感染概率，必要时可以服用消炎药来治疗，比如阿莫林或者头孢类等。另外，如果身体比较敏感，服用了紧急避孕药的副作用比较多，以后同房应采取有效避孕方法，如短效避孕药或者是避孕套等都可以。
