做微创手术，先把巧克力囊肿给弄掉，然后再按照正常情况去备孕，如果是备孕半年都失败，可以考虑试管婴儿。巧克力囊肿通常来说也就是和内膜异位症有很大的关联，内膜异位症会影响到怀孕的。
根据个人体质不同，时间自然也不一样。巧克力囊肿术后一般一个月就可以恢复。恢复的时间长短，和手术后的保养也有很大关系，所以术后要多休息，在恢复期间，定期到医院复查看恢复情况。
如果巧克力囊肿小于4cm，痛经情况较轻，也没有不孕的病史，可以考虑先不手术，直接试孕。试孕过程中要定期复查B超，还有血CA125水平。一旦怀孕成功，孕期体内孕激素明显升高，可以抑制异位内膜生长，使其萎缩。所以，孕期的巧克力囊肿基本不会生长，甚至到后期会缩小。
大多数情况下是术后半个月左右可以怀孕，但是具体还是要视身体的恢复情况而定。专家表示，巧克力囊肿术后试孕越早怀孕机会越大。因为巧克力囊肿的复发机会较高，并且随着时间的推移，妊娠的能力会逐渐下降，而术后是最容易怀孕的时期，妊娠的过程是对这个病的治疗，也许生完小孩后，此病就痊愈了。
巧克力囊肿的治疗，如果有生育要求，建议进行手术治疗，采用手术治疗是比较好的治疗方法，尤其对于囊肿较大的。也可以辅助保守治疗，保守治疗一般是指使用药物进行治疗，要及时医院进行治疗。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症，异位到卵巢上的一种表现。治疗卵巢巧克力囊肿，可以选择药物治疗或者是手术治疗，药物治疗适用于有慢性盆腔痛，经期痛症状明显，并且有生育要求较大的卵巢囊肿。