生育期的女性如果有卵巢巧克力囊肿，直径大于3个cm，就需要手术治疗。巧克力囊肿可以压迫正常卵巢组织，影响排卵。此外它可以影响盆腔的内环境，影响正常的受孕，囊肿直径大于3个cm，这种影响会加大。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现。巧克力囊肿一般恶变率很低，但极个别有恶变的可能性，如果肿瘤指标异常，短期内肿瘤又快速增大，超过5厘米，怀疑恶变，应该尽快手术。如果囊肿体积在三、四公分以内，可以采用保守治疗的方法，只要注意定期复查，观察囊肿的生长情况即可。一般建议3-6个月查一次，如果囊肿体积变化不大，超声下囊壁的回声没有异常，也没有其他的生育要求，可以先进行保守治疗，不用做手术。
卵巢囊肿一般在5cm以内通过服用药物采取保守治疗；在5cm以上医生会手术治疗。卵巢囊肿不及时治疗，否则可引起内分泌失调、下腹疼痛水肿；如果怀孕容易引发流产；严重者可以导致不孕等情况发生。
一般囊肿大于5厘米考虑是需要选择手术，囊肿接近5厘米的情况，暂时还不用手术，可以先用中药调理一段时间平时要避免劳累剧烈运动，避免油腻辛辣刺激饮食，过一段时间再复查一下B超，看看囊肿的变化，如果有增大明显，再考虑手术处理剥除囊肿。
如果卵巢囊肿大于五厘米就容易发生扭转，破裂或者感染，那就需要急症手术治疗，如果现在还不到五厘米，定期做B超复查，平时注意多休息，避免熬夜劳累伤神，要保持良好的心情。
可以的，巧克力囊肿（巧囊）是子宫内膜异位症的一种。目前治疗内膜异位症的药物，在服药期间病人一般月经停止来潮，痛经的症状可以得到缓解。药物也可以抑制异位子宫内膜的生长。