甲硝唑的副作用一般是消化道的不良反应最多，包括恶心，呕吐，食欲不振等不良反应，甲硝唑的代谢产物会对胃肠道产生刺激。因此在服用甲硝唑的时候，一定要饭后半小时服用，这样可以减轻对消化道的刺激。
甲硝唑片是日常生活中非常常见的一种药物，在治疗厌氧菌感染方面有显著的效果，但对于普通的细菌，真菌没有作用。治疗于牙周的感染，肺部的感染，肠道感染以及滴虫性阴道炎等病症都会用到，甲硝唑片可以说是被广泛应用。
甲硝唑片具有杀菌消炎的功效，妇科甲硝唑片主要用于治疗滴虫性阴道炎和厌氧菌感染，滴虫性阴道炎是阴道炎的一种，在月经干净后有白带增多、稀薄泡沫样白带、外阴瘙痒等症状，可以用甲硝唑泡腾片塞阴道，也可以口服甲硝唑片。
甲硝唑片主要副作用是首先是消化道反应，其次是神经系统症状，对肝脏的影响不大，不会增加肝脏的负担。肠胃道症状，如恶心、呕吐、腹泻、食欲不振、有头痛、眩晕、偶有感觉异常、肢体麻木、共济失调、多发性神经炎等。
以消化道反应最为常见，包括常见的呕吐、恶心、食欲下降、上腹部不适，一般不会影响治疗。神经系统疾病症状可以有头痛、眩晕，偶尔有感觉异常肢体麻木，多发性神经炎大剂量的可以引起抽搐。不过都能都是可逆性的，停药后可以自行恢复。