治疗方法主要采用药物、手术治疗、激素疗法。中医可以通过中药调理，帮助卵巢恢复正常的排卵，达到正常的受孕。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法，治疗期间饮食要清淡，不要吃辛辣刺激食物。
巧克力囊肿的早期症状有：痛经，痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重。性交疼痛，这也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。不孕及月经失调。
巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经、腹部包块，尤其是会出现性前时疼痛出血，手术治疗是好的治疗方式，药物只是可以抑制，并不能彻底的解决问题，对于巧克力囊肿，如何治疗要听医嘱，要根据个人的身体状况。
早期的巧克力囊肿一般采取保守的治疗，但是手术治疗能够达到治疗的目的，先试着保守治疗，看看病情能否控制，非常注意个人卫生，月经期间防止经血逆流，慎服避孕药。建议中药调理一段时间，注意均衡营养，观察排卵情况再要孩子。
巧克力囊肿的治疗原则是永远不会打破囊肿，超声引导下细针穿刺介入治疗是一种理想的方法治疗巧克力囊肿，囊性液体，排水注射硬化性药物，可以杀死所有的异位子宫内膜组织，囊性液体不流动，不会导致复发，不损伤卵巢。
巧克力囊肿早期应采用药物治疗并定期随访检查。若症状严重，经药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，可以采用保守性手术，如卵巢内膜囊肿巧克力液抽吸术，内膜囊肿剥除术或患侧卵巢切除术，以保留正常卵巢和生育功能。年龄较大并且没有生育要求的，可以切除全子宫以及一侧或双侧卵巢和输卵管。