这一类的疾病在绝经之后基本上是可以逐渐的萎缩或者是缩小的。但是如果异位的巧克力囊肿内的东西比较多，那么缩小的可能性就比较小。目前如果有腹痛等临床症状出现，那么是考虑手术切除，然后再使用药物继续治。
巧克力囊肿的复发几率还是非常高的。在临床上，如果巧克力囊肿的病人术后没有给予相应的干预，绝大多数都会出现复发的情况。主要是因为巧克力囊肿由具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢，才引起的这种囊肿，手术很难把这种活性细胞完全根除掉，所以就会复发。
巧克力囊肿术后注射什么针也是需要根据身体状况，而不是打什么针好的问题，一定要注意这个事情，不能忽视这个问题，术后的消炎复检工作，一定要做好。尽量的减少对身体的伤害，要保证营养需要。不能吃辛辣以及过于油腻的饮食。一个月内也不能有性生活，用药情况是需要听医嘱的。
这种是很容易复发的，手术后要尽快怀孕，半年后妊娠率也明显降低，促排卵指导怀孕，尝试3个周期，因为有患了巧克力囊肿的病情后做了手术治疗，如果说现在身体各方面都恢复好了，病情方面也没有问题，这样是可以怀孕的。
确诊后宜立即手术，因流出的囊液可引起盆腔粘连、不育或异位内膜的再次播散和种植。年轻未生育者在吸引和彻底冲洗吸引溢入盆腔内的囊液后，做囊肿剥出术，尽量保存正常卵巢组织，对维持卵巢功能和内分泌功能有助，对日后增加孕育机会也有助。
