常见的方法有保守治疗和手术治疗，保守治疗主要分为抗炎和中药灌肠或口服，抗炎主要用于输卵管积水伴有腹痛、发热。中药灌肠或者口服主要用于无腹痛、无发热的慢性输卵管积水。手术主要用于有生育要求的和输卵管积水较严重，保守治疗不理想。
输卵管积水易引起粘连、堵塞，严重者可导致不孕，临床上多通过腹腔镜进行检查、治疗。术后一个月可以进行性生活，增加怀孕机率，尽快达到怀孕目的。处理方案如下：分离输卵管粘连，排出积水，增加怀孕机会，但可再次粘连、积水，不可进行二次手术；辅助生殖技术：促排卵过程可产生孕激素，使输卵管与子宫接口松弛，积水倒流宫腔，易冲掉种植的胚胎，降低试管婴儿的成功率；通过输卵管造口可排出积水，提高试管婴儿成功率。
治疗输卵管积水有效的方法是输卵管切除或输卵管近端结扎，这样彻底去掉产生积水的组织或把积水堵截在子宫以外，为小宝贝着床提供干净舒适的子宫环境。如果单纯抽吸输卵管积水，就像楼道漏水仅仅把地拖干净，源头问题没有解决，积水还会产生、返流子宫。也可以考虑抗炎等保守治疗的方法，但输卵管积水多数是慢性炎症导致，保守治疗收效甚微。
输卵管积水的治疗要根据情况而定，如果积水量比较少，建议采用保守治疗方法，该方法与治疗慢性输卵管炎相同，可以结合中西医，进行消炎及辨证治疗。若输卵管积水量较大，积水的输卵管与卵巢相粘连，并与卵巢中的卵泡囊肿相互贯通，或已形成较大的输卵管卵巢囊肿，一般保守治疗效果就不好了，应考虑手术治疗。
输卵管积水采用国际先进的输卵管镜、宫腔镜、腹腔镜三镜联合技术直接作用于病变部位疏通生殖通道，技术无痛苦、恢复快、受孕率高。手术时间及费用需根据输卵管病变程度来定。
输卵管积水的治疗方法有输卵管伞端造口术和输卵管卵巢粘连松解术。输卵管伞端造口术：卵管造口术适用于输卵管近端通畅，远端有积水、闭锁的病人，为传统的治疗方式。输卵管卵巢粘连松解术。