之所以会出现药流不干净，那是因为胚胎在子宫内一般生长的比较稳定，药流的目的是通过药物将子宫压缩，从而让胚胎排出来。尤其是在怀孕时间长了的情况下更是如此。而一旦出现药流不干净的情况时，应当立即到医院进行处理。
如果确认是没流干净，就必须及时进行清宫手术，如果不清宫会得严重的妇科炎症，对以后生宝宝也是有很大影响。药流会有失败的风险，当药流不干净，就必须进行二次进行清宫，否则会导致宫内感染，盆腔炎，附件炎，输卵管炎合并堵塞，不孕不育等，甚至引起大出血危险生命。建议到正规医院做药流，休息1-2周，避免干重体力活和冷水作业，以免身体抵抗力降低而诱发其他疾病。同时还要加强营养，多吃高蛋白及补气血的食物，有利于术后身体的恢复。
药物流产不干净的时候会表现为出血时间比较长，正常的时间为7-10天左右，如果超过10天会造成存在长时间的出血，并且也会存在褐色分泌物和淋漓不断的出血。因为药物流产不干净的时候HCG没有办法恢复到正常，这种时候有一部分的女性会出现有早孕反应的情况，比如恶心或者呕吐。
通常情况下，药流流不干净会有持续性流血、腹痛等反应。具体分析如下：
药流是指用米非司酮片加米索前列醇药物口服终止早期妊娠。药流流不干净，考虑最常见的反应就是持续性的流血和腹痛，有可能在流出鲜血的时候伴有一些异味，或者血的颜色为褐色，或者是黑色等表现。另外如果患者没有及时治疗，阴道流血过多，也会出现腹部的下坠感以及头晕乏力等不适症状。
流产失败、流产不全，是药物流产最为常见的不良后果。药物流产出现流产不全或者流产失败后，主要临床症状表现为，服用流产药物以后，会出现明显的腹部疼痛及阴道流血现象，没有看到完整的妊娠囊排出。
药流流不干净，如果不行清宫，要根据残留物的大小来决定。如果是残留物在1厘米以内，并且没有出血，可以不需要清宫，如果是残留物超过厘米，并且出血比较多，必须要清宫，如果不清宫，有可能会出现大流血或者宫腔的感染和宫腔粘连，就可能造成以后的永久性不孕症。