巧克力囊肿确诊良性还是恶性应该予以手术探查的，囊肿切除之后立刻在手术室里进行冷冻切片显微化验，以确定囊肿是属良性或恶性。这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变。
卵巢良性肿瘤和恶性肿瘤的鉴别，大概分四个方面。首先根据卵巢囊肿出现的时间，还有生长速度。如果说生长的非常缓慢，就逐渐增大，是良性肿瘤。病程比较短，迅速增长的，是恶性肿瘤。良性的多为单侧的，活动度比较好，做彩超提示是囊性的。边界清晰，表面光滑，而且常常没有腹腔积液。恶性的卵巢肿瘤，多为双侧，而且活动度比较差。
巧克力囊肿良性和恶性只能通过病理确定，卵巢的良恶性肿瘤判断是比较复杂的，要结合B超，肿瘤标记物检查，血检查等判断，一般良性肿瘤边界是清楚的，质地是比较均匀的，恶性肿瘤可能会伴有腹水，边界不清楚，具体的要去医院咨询专业医生做相关检查判断的。
巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢内周期性出血形成的，一般没有良恶性之分。但是巧克力囊肿是会有发生破解以及恶变的可能，所以及早发现，尽早治疗。必要时，需通过手术切除治疗。
卵巢巧克力囊肿是由于子宫内膜异位导致的，是良性的，这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变，卵巢巧克力囊肿主要表现是痛经，所以应及时进行手术治疗。