腰椎穿刺术有一定的危险性，并且有禁忌症。
腰椎穿刺术因为要深入脊椎管内，需要在没有消毒的情况下进行，可能引起中枢的炎症。腰椎间盘穿刺时不要吸入过多的脑脊液，以免引起快速的颅内压力下降，引起头疼，甚至是昏迷。此外，由于种种因素造成的颅内压力升高、脑肿瘤、腹股沟疝、有可能发生脑疝、重度惊厥等，都不能进行手术。
腰椎穿刺术后通常需要平卧4-6小时。
腰椎穿刺是一种常见的手术方法，在临床上被广泛应用。在进行腰椎穿刺手术时，首先要将穿刺针插入到蛛网膜下，然后从皮下穿出，经过深筋膜层，进入棘突窝，黄韧带，然后通过硬膜，通过蜘蛛网膜，最终到达蜘蛛膜下。腰椎穿刺可能会引起低颅压征、椎管内出血、神经损害、损伤、感染等并发症，临床上比较常见的是低颅压，会导致头痛、恶心、呕吐等症状。
腰椎穿刺术很安全，腰椎穿刺术后或者是腰椎麻醉术后，病人有时候会发生头痛，这是因为有时候脑脊液从穿刺孔中外渗，脑脊液的压力降低，牵张颅内的静脉窦，静脉记忆脑膜等组织而引起头痛。
腰椎穿刺术系临床常用的一种诊疗操作。
可用于诊断中枢神经系统各种炎症性疾病、血管性疾病、脊髓病变、疑有颅内占位病变、对诊断不明的神经系统疾病及气脑、椎管造影等此外，亦用于因脑脊液压力过高的放液（减压）和注入药物治疗中枢神经系统疾病。对于以下情况有一定治疗效果，如引流血性脑脊液；放除脑脊液，降低颅内压力；鞘内注射药物治疗炎症或肿瘤。
腰椎穿刺费用在200元左右，腰椎穿刺术是外科的一种常规检测手术方式，是很小的一种检测方式，对神经系统疾病的诊断和医治有重要价值，简便易行，安全系数高，检测主要目的是看看脑脊液的性质及相关疾病。
患者侧卧位，腰背部消毒、铺无菌巾。向腰后部正中定好的腰椎间隙打局麻药。使用腰椎穿刺针从腰后部正中向前方慢慢刺入，经过腰后部的韧带进入椎管内。使用注射器抽取少量的脑脊液进行化验。如果需要药物治疗的情况下，再向穿刺针内打入药物。操作完毕后，撤出腰穿针，局部用棉球压迫。