在临床上，可以通过临床表现来确诊偏头疼和三叉神经痛。
偏头疼通常是有前兆的，主要症状是视力的减退，或有散射的闪烁的斑纹，这说明偏头疼的症状，在头疼的时候，可以看到额部和大量的一种波动性头疼，有些病人还会影响到另外一边的头疼。三叉神经痛通常是一边电灼样、针刺样、刀割样的疼痛，这种疼痛通常不会超出中间的位置，通常是一边头疼，一边不会出现头疼症状；也有一些人会出现两侧的头疼，这种头疼会在几分钟到一分钟之间。
神经痛和偏头痛是有不同的。神经痛，又有三叉神经痛，神经痛是分布在三叉神经区域的，具有一阵一阵发作，然后反复性发作的特征，没有任何阳性体征。神经痛常发于在中年的女性。三叉神经每次发作一般都有几秒或者数十秒，一般都不会超过两分钟。而偏头痛是一种反复发作的，在头部一侧或者两侧的搏动性头痛。
血管性偏头痛与三叉神经痛区别在与发病的部位不同，发病的症状也是有所不同的。1、血管性偏头痛：一般表现为前额部位头痛，发作之前通常有先兆，可能会出现周期性或轻重不同的单侧头痛。2、三叉神经痛：一般是在面部三叉神经分布的区域出现剧烈的疼痛，是常人难以忍受的神经性疾病，一般不会出现头痛的情况，三叉神经疼痛的时间一般在几秒、几分或几个小时不等。
偏头痛不属于三叉神经疼痛，三叉神经疼痛属于三叉神经附近的血管病变或者畸形压迫神经组织引起的疼痛。偏头痛与生活压力、内分泌失调等因素有关。偏头痛与三叉神经痛并无明显关系，临床上要注意鉴别，不可混淆，因为治疗方法不同。偏头痛是由于血管收缩和舒张功能紊乱而引起的血管性头痛。临床表现为单侧或双侧搏动性头痛，疼痛持续5-3天左右，伴有恶心呕吐等症状。非甾体类消炎止痛药物是治疗的主要方法。
神经痛和偏头痛是有不同的。神经痛，又有三叉神经痛，这种神经痛是分布在三叉神经区域的，它具有一阵一阵发作，然后反复性发作的特征，没有任何阳性体征。这种神经痛常发于在中年的女性。三叉神经每次发作一般都有几秒或者数十秒，一般都不会超过两分钟。而偏头痛是一种反复发作的，在头部一侧或者两侧的搏动性头痛。患偏头痛的大部分都是女性，有时候是有家族遗传的。
偏头痛跟三叉神经痛通常在病因、临床症状等有很大的区别。
偏头痛与情绪不稳定、睡眠不足、超负荷运动、神经细胞兴奋性紊乱、内分泌紊乱有关。三叉神经痛主要是由于神经损伤、精神压力过大、免疫功能异常引起的。偏头痛是一种单侧搏动性头痛，一般发生在颞部，由于颅内动脉持续收缩，可能会导致头痛，少数患者会出现眩晕、精神错乱、四肢无力等症状，持续10-30分钟或数小时。三叉神经痛是一种反复发作的面部疼痛，主要表现为电击样、刀割样、撕裂样或烧灼样剧痛，持续数秒至2分钟，睡眠时疼痛发作减少或不发作，发作时伴有疼痛性面肌抽搐、口角歪、皮肤发红、流涎等症状。