目前自身免疫性脑炎可以通过糖皮质激素、免疫球蛋白等药物来进行治疗，如果有癫痫发作、精神症状等并发症，需要对症支持治疗，同时还需要进行抗肿瘤治疗。
对于合并的疾病，比如癫痫的治疗可以采用抗癫痫药物治疗。
1.糖皮质激素：常规应用糖皮质激素冲击疗法，甲泼尼龙静点后改为口服，逐步减少剂量；如果是轻度的，可以选择服用口服激素，而不是冲击治疗，一般是6个月，期间要观察脑炎的活动情况，同时还要考虑到病情的变化和复发。
2.免疫球蛋白：作为自身免疫性脑炎的第一线免疫疗法，可以提高病人的抗感染、免疫调节功能，如果病情较重，可以配合激素，2~4周反复注射静脉免疫球蛋白，可以反复或多次注射。
3.血浆置换：可以和激素结合，但如果静脉注射了免疫球蛋白，则不能马上进行血浆交换，否则血浆交换很难影响鞘内自身抗体的合成，如果是脑脊液抗体为阳性，血清抗体为阴性，则需要进一步验证。
4.利妥昔单抗：在外周血CD细胞被清除之前，应视外周血CD阳性B细胞水平而定。国外有50%以上的抗N-甲基-D-天冬氨酸受体脑炎。在我国，此药是一种超范围使用的药物，患者要遵守患者的知情同意和药事流程，同时要考虑到患者的感染风险和副作用。
5.环磷酰胺：这是一种二线药物，主要用于对一线药物不敏感的患者，在症状消失后停止使用。
6.吗替麦考酚酯：主要是针对复发病人，对于一线免疫治疗无效的自身免疫性脑炎，对肿瘤阴性的严重的N-甲基-D-天冬氨酸受体脑炎的病人。
精神异常，行为异常，部分病人无特殊事件刺激和诱发因素，且无典型家族史，突然出现的精神行为异常，还可出现焦虑，抑郁的神经心理表现，易被误诊和漏诊。癫痫发作，如LGI1脑炎，表现为面-臂肌张力障碍性癫痫发作，病人一侧上肢或下肢抽动样发作，同时伴同侧面部抽动，甚至走路反复摔倒。认知功能下降，表现为进行性近事记忆下降，工作记忆下降，易漏诊。
自身免疫性脑炎治疗包括免疫治疗、对癫痫发作和精神症状的症状治疗、支持治疗、康复治疗。合并肿瘤者进行切除肿瘤等抗肿瘤治疗。免疫治疗分为一线免疫治疗、二线免疫治疗和长程免疫治疗。抗NMDAR脑炎者一经发现卵巢畸胎瘤，应尽快手术切除。
自身免疫性脑炎主要有头痛、头晕、发热、反复抽搐、恶心呕吐、咽喉痛、乏力、腹痛、腹泻等一般症状。严重者可出现颅内压增高引起的嗜睡、颅内压增高、意识障碍、偏瘫、麻痹、脑疝等症状。
控制人体不良免疫反应的方式，一个是们丙种球蛋白的治疗，一个是激素治疗，有一部分病人们还可以用血浆置换，这都是改变自身不良免疫功能异常的治疗方法。自身免疫性脑炎它是一种免疫功能异常，们在治疗上面要控制它的免疫功能，控制人体不良的免疫反应。
自身免疫性脑炎如果比较轻微，一般不严重，但如果症状比较明显，可能是比较严重的。
自身免疫性脑炎是一类由自身免疫机制介导造成的疾病，患者可能会出现反应迟钝以及恶心、呕吐等症状，如果病情比较轻微，可能并不会特别严重，但还有一些患者可能出现癫痫持续状态，病情还伴有意识障碍，一般是比较严重的，建议要及时去医院，积极的用药物进行治疗。