肠菌群失调的治疗方法有以下几种。
1.病因疗法：若为病症所致，必须先确定病因，排除病因，之后才能进行肠内调养。
2.食物疗法：喝果汁、蔬菜汤、米粥、奶酪、香蕉、蜂蜜等食物，可以促进食欲，预防缺水。
3.用药：患者可以口服抗生素、益生菌等药物，一定要在医师的建议下进行调理。其中包括：双歧杆菌，益生元等.
拉肚子菌群失调可以通过手术治疗、日常护理、药物治疗等方式进行治疗，具体分析如下：
1、饮食要平衡，要有充足的营养，在日常生活中要多吃富含纤维素的食物，保持肠道的菌群平衡。
2、多吃富含益生元的食物，益生元是一种含有低聚果糖、低聚异麦芽糖、大豆低聚糖等可溶性膳食纤维。
3、可以多吃一些益生菌，比如每天多喝一些含有益生菌的酸奶。还可以服用含有酪酸梭菌活菌片、双歧杆菌等益生菌的药物。
可以用一些雌激素来促进阴道的优势菌，乳杆菌的生长，分泌乳酸使阴道的PH降低，来维持阴道的酸度，进而维持正常的菌群。菌群失调是由于滥用药物引起，致使条件致病菌发病。
通常情况下，抗生素引起的菌群失调需要停止使用抗生素并调整饮食等方式进行治疗。具体分析如下：
如果是由于抗生素导致的菌群紊乱，需要及时停止使用抗生素，通过对被感染的细菌进行系统的处理，另外要注意多吃水果、蔬菜、各种维生素、以及平时要注意的多做一些锻炼，以保证情绪、充足的睡眠、增强抵抗力。缓解后在医生的指导下使用抗生素。
平时的饮食尽量清淡些，少食油腻大的、高蛋白的食物，这样母乳也会清淡一些，更利于宝宝肠胃吸收和消化。不用一些抗生素，吃点有助消化的药物帮助食物的消化和吸收，以便恢复宝宝肠道菌群的生态平衡。
首先一定要给宝宝加强营养，营养均衡，不要乱用药物，可以口服益生菌慢慢进行调理，同时用药物保护胃肠道黏膜。至少需要一周左右。必要的时候可以口服药物或者是采取输液治疗的方法。