菌群失调是导致吃益生菌拉肚子的主要原因，可以遵循医嘱口服乳酸菌素片、双歧杆菌四联活菌片等药物来平衡肠道菌群。注意补充水分，以防电解质紊乱，出现脱水症状。可以少量服用益生菌，益生菌能够促进肠道菌群的消化，排出肠道内的毒素和垃圾。多吃膳食纤维，促进肠胃蠕动，有利于消化吸收，每餐七分饱，吃饭要细嚼慢咽养成良好的饮食习惯。
通常来说，吃益生菌拉肚子建议进行一般治疗。
吃益生菌拉肚子是一种很常见的生理现象，但当细菌的数量达到一定程度时，这个症状就会消除，所以建议在餐后使用。可以通过服用诺氟沙星胶囊来改善腹泻的症状，在腹泻的时候要适当补充水分，避免出现电解液失调和脱水现象。建议每日饮用一份酸奶，其中的有益菌含量比较高，对霉变细菌的繁殖也有一定的作用。日常生活中要多注意饮食的搭配。
益生菌是可以继续再吃的，主要是调理肠道菌群，如果腹泻次数频繁，可以用进行缓解，然后隔半个小时，在使用肠道益生菌，调理大便成型就可以停用，益生菌可以继续吃3到5天。
连续拉肚子先适当的服用一些止泻的药物来缓解目前的情况，比较严重的情况下可以去医院进行静脉输液的处理。最好是在这段时间内进行母乳的喂养，如果是由于添加辅食吃的太多营养不当引起的。可以适当的这段时间注意腹部的保暖，避免着凉。
吃了饭就拉肚子可以通过一般治疗、使用药物等方法进行治疗。
1.一般治疗：为了促进病情恢复，建议注意一般治疗，即避免吃凉的东西或者吃饭过程中避免受凉，多喝点热水，有助于缓解症状。
2.使用药物：如果症状较重，是肠道菌群失调症导致的，建议在医生的指导下使用各种益生菌类的药物，比如双歧杆菌四联活菌片、乳酸菌素片、酪酸梭菌活菌片等。
若孩子腹泻次数少，精神状态佳，可以先观察，并通过以下方式处理：
1、一顿暂停饮食，让胃肠休息。
2、补充水分，喝淡茶水，加入少许盐和糖，多喂服。
3、喝脱脂牛奶、粥及少量酱菜，饮食要清淡容易消化，不要自行给孩子服用抗生素，避免病原体的检出，不要随意服用止泻药，阻止病原体和毒素排出。
有以下情况要去医院就诊。
1、每天大便次数超过7-8次。
2、大便量大且稀水或少量，有脓血或黏液。
3、发热。
4、口渴、烦躁、哭闹、唇干舌燥、囟门及眼部凹陷，皮肤提起放下后展平这些脱水的症状。
若孩子精神萎靡不振、嗜睡，即使大便次数少没有发烧，也要及时就医。