遗传因素，遗传因素是导致癫痫尤其是特发性癫痫的重要原因。分子遗传学研究发现，一部分遗传性癫痫的分子机制为离子通道或相关分子的结构或功能改变，脑部疾病，全身或系统性疾病，缺氧：窒息、一氧化碳中毒、心肺复苏后等；代谢性疾病：低血糖、低血钙、苯丙酮尿症、尿毒症等。
大多数从孕妇营养不均和胎儿发育不良两个方面都是引起癫痫病的先天原因。应重视孕妇身体的调养，以避免癫痫的发生。癫痫病不但有遗传导致的外在因素也会导致癫痫病的。感染就是其中之一。在各种脑炎、脑膜炎、脑脓肿急性期的充血、水肿的影响及血液中的渗出物，都有可能引起癫痫发作。
遗传性癫痫是癫痫类疾病的一种分支，通常是因为上辈的基因突变，蛋白质变异导致的。临床上可根据癫痫发作类型选用抗癫痫药物，一旦找到可以完全控制发作的药物和剂量，就应不间断地应用。一般应于发作完全控制后，如无不良反应再继续服用3～5年，方可考虑停药。目前多主张用一种药物，确认单药治疗失败后，方可加用第2种药物。
可能是先天性畸形。如染色体畸形、先天性脑积水、小头畸形，胼胝体发育不全、脑皮质发育不全等。可能是挫伤、水肿、出血和梗塞也能导致局部脑硬化，若干年后形成病灶。脑性瘫痪病人也常并发癫痫。
先天性、后天性因素。如染色体异常、遗传性神经障碍、脑畸形及先天性脑部积水；后天的疾病并发，各种疾病造成的身体各机能的代谢陈旧，脑内长了肿瘤压迫到神经，或是各种病菌的感染。
癫痫其病因如：先天遗传、出生难产，窒息缺氧、产伤、高热惊厥、惊吓、脑膜炎、煤气及其他中毒、精神刺激、脑供血不足、脑囊虫、脑发育不全、脑萎蓿、脑瘫痪、脑血管畸型、脑水肿、颅脑损伤、脑术后遗症、软化灶、钙化点等，由于其病因复杂，发作突然，反复无常，又难以治好，被视为神经系统的癌症，称之为世界上的三大顽症。