主要有三种不同，一是病原体不同，二是病变部位不同，三是临床表现不一样，应及时去医院做脑脊液检查，明确具体病变。需要及时根据不同的病原体有效治疗，病毒性脑炎如果治疗及时，没有什么问题，如有感染因素，可引起脑神经受损。
脑炎和脑膜炎的区别，主要是致病微生物所侵犯的部位不同，比如脑炎病原体侵犯的主要是脑实质，包括颞叶、额叶和枕叶等，而脑膜炎病原体侵犯的主要是脑膜结构。脑炎患者会出现脑实质受损的症状，比如抽搐发作、失语、肢体功能障碍等，而脑膜炎患者主要的症状是头痛，恶心呕吐等。
脑炎是指脑实质受病原体侵袭导致的炎症性病变。绝大多数是由于病毒感染造成的，临床上以高热，头痛，呕，昏迷，惊厥等症状为其特征，大多伴有脑脊液成分的改变。脑膜炎系指软脑膜的弥漫性炎症性改变。由细菌，病毒，真菌，螺旋体，原虫，立克次体等侵犯软脑膜和脊髓膜引起。
脑膜脑炎是指病变侵犯了脑膜及脑实质，而脑膜炎是病变仅仅侵犯了脑膜。脑膜炎临床上主要表现为头痛、恶心、呕吐及脑膜刺激征阳性。而脑膜脑炎不仅有脑膜损害症状，还有脑实质损害症状，会出现反应迟钝、表情淡漠、谵妄、行为异常、癫痫发作、言语障碍、偏瘫，甚至会有意识障碍，嗜睡-昏睡-昏迷等脑实质损害症状。
脑膜炎和脑炎哪个严重必须根据病人具体情况而定。
脑膜炎多为多种原因引起的病人脑膜的炎性反应，则病人常可表现为头痛，颈项强直等症状，查体克氏征呈阳性，有些病人也可发生恶心和呕吐。此外还会出现意识模糊，甚至昏迷等情况，这都是急性脑炎最基本的表现。脑炎以多种病变受累为主，脑实质受累，病人可有高级认知功能异常，例如，发生反应迟钝的情况，认知功能异常而发生癫痫发作、肢体活动障碍及其他状况，但通常以脑膜脑炎为多。另外还有一种类型就是感染引起的急性脑炎，也叫做细菌性颅内出血或者化脓性蛛网膜下腔积液等，这都属于感染性疾病。通常情况下，病人一旦发生脑炎，常易并发脑膜炎，通常单纯脑炎及单纯脑膜炎仍较少见，多数病人仍可并发脑膜脑炎。另外还有一种类型就是混合感染引起的脑膜炎，这是因为很多细菌都能进入到人体当中，所以就需要对这些致病菌进行分离培养以及药敏实验来判断是否患有脑膜炎或者脑炎。然后对于不同病原体，其临床治疗方案也有所不同。对于脑膜脑炎来说，最重要的就是要明确诊断，因为一旦确诊就需要进行相应的处理。脑膜炎与脑炎孰重孰轻，还要根据病人具体病情，若病人脑炎症状并不严重，但广泛脑膜受累炎症发生粘连，这类病人脑膜炎可能表现得更严重一点。
脑炎与脑膜炎不能判断哪一种更严重。
从进展上看，2种病情发展的症状均可较严重。脑炎出现了发热、头痛、呕吐，并且伴有抽搐，而脑膜炎则不存在这些症状。根据化验结果，脑炎的后果与脑膜炎不一样。这是因为病毒感染引起了脑组织损伤，导致血液中出现了大量病毒，所以就造成了颅内感染。脑炎患者血象通常正常，但是脑膜炎呈增高趋势。因此，对病人进行全面的检查和治疗非常重要。脑炎时进行病毒分离和其他检验，可发现病人致病之病毒，脑但膜炎并不存在。脑炎病人的血清抗体阳性率较高，而脑膜炎病人则很少见到抗体阳性结果。提取脑积液进行检查时脑炎澄清，但是脑膜炎的外表是浑浊的。脑炎和脑膜炎都属于病毒性传染病。尽管通常很多人易把脑炎与脑膜炎这两种病混为一谈，但是两种病完全不同。因此两者有很大区别。脑炎与脑膜炎发生的部位亦不相同，脑炎多表现为脑实质损害以后所发生的一系列疾病，脑膜炎多表现为脑膜部位炎症变化。发病病因亦不相同，脑炎的病因多为病毒感染，脑膜炎不以细菌感染引起脑膜部位感染为主，而脑膜炎常因化脓性细菌感染引起。