骶管囊肿手术风险有两个，一个是神经的损伤，一个是漏口的闭合不全，导致复发。手术就直接将水放掉了，囊壁它本身不分泌囊液，漏口修补不严密，囊肿会复发，第二就是神经的保护，因为很多骶管囊肿都会裹神经，这些神经与囊肿在一起，做手术时就要保护好这些神经，将这些神经有的回纳到椎管内，要将这个神经从囊肿上面分开来，有的和神经，囊肿它是一部分，将这些神经给保护起来，要保护好神经，又要神经根部的囊肿的开口给封起来。
骶管囊肿对于处理经验丰富的神经外科医生而言，是比较安全的常规手术，但如果处理不当，也是有一定手术风险的。例如，部分在术后症状缓解不满意，或缓解时间不长后囊肿又复发，甚至有症状加重，在术后出现双下肢无力、疼痛、麻木，大小便功能障碍和性功能障碍等。所幸在显微神经外科手术和术中电生理监测的治疗条件下，这些手术风险已经明显降低，手术还是相当安全的。
骶管囊肿对于处理经验丰富的神经外科大夫而言，是比较安全的常规手术，但如果处理不当，也是有一定手术风险的。例如，部分病人在术后症状缓解不满意，或缓解时间不长后囊肿又复发，甚至有症状加重，病人在术后出现双下肢无力、疼痛、麻木，大小便功能障碍和性功能障碍等。所幸在显微神经外科手术和术中电生理监测的治疗条件下，这些手术风险已经明显降低，手术还是相当安全的。
骶管囊肿手术如果由富有经验的神经外科医生在显微镜下切除囊肿壁、严密缝合囊肿与蛛网膜下腔通道、必要时进行神经袖套重建，则手术是非常安全的。但如果为复发性骶管囊肿，特别是以前曾采取骶管内囊肿抽吸注入药物或生物蛋白胶等方法或其他手术治疗者，手术风险相应提高，有导致术后下肢无力、甚至大小便功能障碍的风险。
骶管囊肿如果没有什么特殊症状以观察为主。如果骶管囊肿出现明显的症状，比如下肢和会阴部的感觉疼痛、麻木、大小便失禁，则需要相应的治疗措施。口服营养神经类药物和止疼类的药物对症处理。如果仍然没有明显疗效，则需要通过手术方式进行治疗。
骶管囊肿手术是一种比较简单的手术，具体内容如下：
第一型是没有脊髓神经的囊肿，表现不典型，可以采取非常规的保守疗法；而第二型囊肿，其囊壁与神经纤维间有一定的联系，因而手术中存在一定的危险性，且有可能造成神经纤维受损，造成严重后果。由于现代显微镜技术的发展，可以将囊内的神经与纤维进行精细的解剖，并对其进行电学检查，从而使手术的危险性大为降低，从而使病人的生活品质得到改善。
