抗生素本身对病毒感染无效。但由于细菌性脑膜炎的病死率及致残率很高，尽快的清除csF中的细菌和炎症细胞极为重要，故对于早期不能和细菌性脑膜炎相鉴别的病例，经验性地使用抗生素恰当而且必要。
神经组织修复疗法治疗脑炎后遗症是采用外周血骨髓血，通过专用的神经因子分离液、提取、纯化后的到临床治疗所需要的神经因子；经过静点，注射或接入等方法将神经因子输入患者体内，利用神经因子具有自我复制和分化的功能来修复体内受损的神经因子，达到机体功能重建的目的。也可药物治疗。
可以到正规的医院挂康复科就诊，进行系统的后期的康复训练，这个是一个缓慢的过程，还请老人和家属不要太急躁，慢慢的来。另外，最为重要的是：遵从当初出院时的医嘱，继续进行积极的药物治疗，按时按量的服药治疗，切忌擅自停药，换药，增量，减量等。一定要严格遵守医生的医嘱进行治疗。
中医的治疗就是理疗、针灸、推拿按摩等，或是通过长期的口服中成药物，进行清热解毒。脑炎后遗症注重护理，病程中应该加强对患者身体的护理，要供给一定的水分、营养及电解质。
病毒性脑炎是由于病毒感染脑组织后，出现的炎性病变，常有高热，头痛呕吐，脑膜刺激征症状，病理征常阳性改变。对于病毒脑炎情况，需要及时的消炎，抗病毒治疗，积极营养脑组织，保护好脑功能，积极监测好生命体征等。
中医治疗方法：主要是针灸、按摩。神经系统生理缺失，是不能从内分泌调节上面俩恢复功能。手术治疗方法：手术治疗在小儿脑炎后遗症患儿的临床治疗有重要地位。