脑炎的后遗症多为肌肉瘫痪和肌无力。有时还有可能会出现意识上的涣散和精神上的障碍。但是大部分情况下是可以完全康复的，只有少数情况可能会造成发育迟缓、小儿癫痫等后遗症。
脑炎患者通常情况下，只要痊愈，病人就没有后遗症，脑炎患者常常会在身体抵抗力较差、细菌、病毒、真菌等，寄生虫等易感染中枢神经系统引起病人脑炎。
通常情况下，脑炎患者都会依据感染病原体不同而表现出相应症状，对大多数脑炎患者来说，都会表现出发烧、头疼、恶心、呕吐等症状，癫痫和其他病症。这类病人一旦发生脑炎就需及时抗感染治疗，由于脑炎病人，如不及时治疗，病人常发生某些神经系统后遗症，有的还可致死。
脑炎的后遗症主要有：1、脑炎累及人体运动神经，引发运动功能障碍，导致四肢无力、活动能力受限的后遗症；2、脑炎发病部位本来就属于大脑，因此更容易损害大脑神经引发智力障碍；3、疾病累及语言神经，引发失语后遗症；4、眼球麻痹也是脑炎的后遗症之一，由于这种疾病也容易让视觉神经受损；5、脑炎也容易引发肌肉萎缩的后遗症。
脑炎后遗症是指脑炎在经过急性期的积极治疗后，一些仍留有不同程度的肢体运动障碍、智力障碍、失语、眼球麻痹、吞咽困难等后遗症，采用多种及时有效的康复手段可以改善各种后遗症的。
小儿脑炎的症状最开始的表现是发烧，流泪，流鼻涕，眼睛发红，怕光。同时也会有身体的疼痛，食欲不振等。随着疾病的进展，会经历神经系统，如嗜睡，兴奋和抽搐。建议及时冷静，抗病毒或消炎，消除脑水肿，营养神经病等综合治疗。
如果各种检查没有异常发现，基本是没有后遗症的。但当脑细胞出现不可逆性的损伤后，脑炎就会留下后遗症。但不会出现疾病控制之后，后遗症症状加重的状况，不过随着年龄增加，获取技能的能力也会越显不足。