小孩患有脑炎后遗症的原因是，怀孕的母亲曾经患有感染、饮食不当、吸烟或者滥用药物及饮酒都会导致产前损伤。使用某些药物或过量酒精摄入，缺乏睡眠、应激、或激素改变。
脑炎的后遗症主要有：1、脑炎累及人体运动神经，引发运动功能障碍，导致四肢无力、活动能力受限的后遗症；2、脑炎发病部位本来就属于大脑，因此更容易损害大脑神经引发智力障碍；3、疾病累及语言神经，引发失语后遗症；4、眼球麻痹也是脑炎的后遗症之一，由于这种疾病也容易让视觉神经受损；5、脑炎也容易引发肌肉萎缩的后遗症。
颅脑损伤的原因，会导致脑炎后遗症的发生，如果颅脑损伤的比较严重的情况下，几个月就可能会发作的，如果损伤是轻微的，发作的几率会很小的，所以颅脑损伤也是导致后遗症的原因。
在生活当中没有及时做好预防工作，而遭到疾病的痛苦折磨，一般来说，脑炎后遗症并不是发烧引起的。脑炎后遗症的病因主要有遗传原因、颅脑损伤、引起脑损害的疾病往往也是脑炎后遗症的原因。
脑炎后遗症里面最常见的癫痫、语言或者运动功能障碍。有的孩子癫痫的情况非常严重，甚至都需要激素治疗。建议根据病人的反应情况使用调节神经功能的药物治疗控制，必要时进行针灸理疗按摩。
炎症各种病原菌原因。如金葡萄多所引起的，化脓性炎症以及咽峡炎及肺炎，而大肠杆菌等革兰阴性杆菌易造成胆道，所工作的环境和基因也是引发脑炎后遗症的原因之一。